当公司发现员工全部使用盗版软件时，这是一个需要严肃对待的问题，因为这不仅涉及法律风险，还关系到公司的声誉和长期发展。以下是一些建议来处理这一问题：

首先，公司必须明确告知员工使用盗版软件的法律后果。依据相关法律法规，使用盗版软件属于侵犯知识产权的行为，可能会导致法律纠纷和罚款。公司应当通过内部通知、培训或会议等方式，向员工普及知识产权的重要性，以及使用正版软件的必要性。让员工清楚知晓其行为的性质和可能承担的责任。

其次，如果员工在接收到公司的告知后，仍然拒绝停止使用并删除盗版软件，公司应果断采取批评教育的措施。通过一对一谈话、部门会议或公开通报等方式，对员工进行严肃的批评和教育，让他们认识到其行为的错误性和严重性，并促使其改正错误。

若问题的严重程度进一步加剧，公司需要依据内部早已制定好的规章制度对员工进行相应的处罚。这可以包括给予警告、进行罚款、甚至解除劳动合同等。通过这些措施，让员工明白公司对于知识产权保护的坚决态度，以及对于违规行为的零容忍。

同时，公司也不能忽视自身在软件使用管理上的责任。为了避免因员工的不当行为给公司带来法律风险，公司应当积极主动地采取措施来规避风险。例如，及时采购合法的软件版本，确保公司的办公环境符合法律要求。为员工提供合法的工作工具，是公司的基本责任，也是避免法律风险的有效手段。

此外，公司还应加强对员工日常行为的监督和检查。通过定期的软件使用检查、员工行为审计等方式，及时发现并纠正员工的不当行为。同时，鼓励员工之间相互监督，形成良好的工作氛围和合规文化。

最后，公司应当将此次事件作为一个契机，加强内部的知识产权保护和合规管理。通过完善内部规章制度、加强员工培训、建立举报机制等方式，全面提升公司的知识产权保护和合规管理水平。这样不仅能够避免类似事件的再次发生，还能够提升公司的整体竞争力和声誉。

综上所述，处理员工使用盗版软件的问题需要公司从多个方面入手，包括法律告知、批评教育、处罚措施、软件采购、日常监督以及合规管理等。只有全面、系统地解决这一问题，才能够确保公司的长期发展和稳定运营。