结论：关于元旦休息了两天，26天制结算工资是否需要扣一天工资的问题，这主要取决于公司的工资计算方式和劳动合同或公司规章制度中的具体规定。一般情况下，如果元旦是法定节假日且公司正常支付工资，那么不应扣除休息日的工资；但如果公司有特殊规定或劳动合同中有特别约定，则需按照约定执行。
详细分析：
法定节假日的工资支付：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，元旦作为法定节假日，员工在法定节假日休息的，公司应正常支付工资。这意味着，如果元旦当天你休息了，公司不应因此扣除你的工资。
26天制工资计算方式：
- 26天制通常指的是一个月按26天计算工作日，用于结算工资。在这种计算方式下，员工的月工资是固定的，不因实际出勤天数的增减而轻易变动（除非有明确的缺勤或加班规定）。
- 如果公司采用26天制计算工资，并且元旦作为法定节假日已经包含在这26天之内，那么你休息元旦这两天（其中一天为法定节假日，另一天可能为公司安排的休息日或调休）通常不会影响你的月工资总额。
公司规章制度和劳动合同的约定：
- 然而，具体是否扣除工资还需参考公司的规章制度和劳动合同中的相关条款。有些公司可能会在规章制度中明确规定，法定节假日休息不扣工资，但其他休息日（如调休日）如果未出勤则可能按一定比例扣除工资。
- 如果劳动合同或公司规章制度中有特别约定，比如“法定节假日休息不扣工资，但其他休息日未出勤需扣除相应工资”，那么就需要按照这一约定来执行。
特殊情况的处理：
- 如果元旦期间你因工作需要而加班，那么公司应按照法律规定支付加班费，这通常不会影响你其他休息日的工资支付。
- 如果公司存在违法扣除工资的行为，你可以依据《中华人民共和国劳动法》等相关规定，向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
建议：
- 首先，查阅你的劳动合同和公司规章制度，了解关于工资计算、法定节假日休息和缺勤扣除工资的具体规定。
- 如果对相关规定有疑问或发现公司存在违法扣除工资的行为，及时与公司人力资源部门或上级沟通，寻求解决方案。
- 如果沟通无果，你可以考虑向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
示例计算（假设月工资为X元，按26天制计算）：
- 如果元旦是法定节假日且公司正常支付工资，那么你的月工资仍为X元，不会因休息元旦而扣除。
- 如果公司规章制度或劳动合同中规定，其他休息日未出勤需扣除日工资的1/26（即X/26元），而你元旦期间休息了两天（其中一天为法定节假日不扣工资，另一天为公司安排的休息日且未出勤），则可能扣除X/26元（具体扣除金额需根据实际规定确定）。但这种情况较为特殊，且通常公司不会因法定节假日的调休而扣除工资。