违章建筑因违反法律法规的强制性规定，原则上不能设立合法有效的抵押，若已设立抵押，其处理方式需分情况讨论：

一、抵押合同效力层面

1. 抵押合同无效
   根据《民法典》第143条，民事法律行为有效的条件包括“不违反法律、行政法规的强制性规定”。违章建筑因未取得建设工程规划许可证或未按规划许可建设，违反《城乡规划法》等强制性规定，其抵押合同可能因违反法律强制性规定而被认定无效。
   例外情形：若违章建筑后续通过补办手续转为合法建筑，抵押合同效力可能因违法性消除而“补正”为有效，但需以行政机关最终确认为前提。

2. 抵押合同部分无效
   若抵押合同中除违章建筑外，还涉及其他合法财产（如土地使用权、合法建筑物），则合同中关于合法财产的抵押条款仍有效，仅违章建筑部分无效。此时需分割处理抵押权，避免“一损俱损”。

二、抵押权设立层面

1. 抵押权未设立
   根据《民法典》第402条，以建筑物抵押的，应当办理抵押登记。但违章建筑因无法取得合法产权证明，通常无法办理抵押登记，抵押权自始未设立。此时债权人仅能依据普通债权关系主张权利，无法优先受偿。

2. 已办理“形式登记”的特殊情形
   部分地区实践中，可能存在对违章建筑“形式登记”的情况（如仅登记地址或面积，未核验产权）。此类登记因缺乏合法产权基础，仍无法产生抵押权效力，但可能作为债权债务关系的辅助证据。

三、实务处理建议

1. 对债权人

   • 风险防控：签订抵押合同前，务必通过不动产登记中心、规划部门等渠道核查抵押物合法性，避免接受违章建筑作为抵押。
     
   • 合同条款设计：若必须接受违章建筑抵押，可在合同中约定“若抵押物因违法被拆除，债务人需提供等值合法财产替代担保”，并明确违约责任。
     
   • 救济途径：抵押合同无效后，可依据《民法典》第157条，要求债务人返还财产或赔偿损失（如信赖利益损失）。

2. 对债务人

   • 合规整改：若抵押物为可补办手续的违章建筑（如超面积部分），应尽快向规划部门申请补办手续，将违法状态转化为合法状态，以保障抵押权效力。
     
   • 替代担保：若无法补办手续，建议提供其他合法财产（如存款、车辆、合法房产）作为替代担保，避免因抵押无效导致融资失败。

3. 对执法部门

   • 行政处罚与抵押权冲突：若抵押期间抵押物被行政机关认定为违章建筑并责令拆除，抵押权人可依据《行政强制法》第35条，在拆除前主张“听证权利”，争取补偿或协商解决方案。
     
   • 历史遗留问题处理：对因历史原因形成的违章建筑（如早期未纳入规划的农村自建房），可依据地方性法规或政策，通过补缴罚款、补办手续等方式“合法化”，再行处理抵押事宜。

总结：违章建筑抵押的核心风险在于“违法性导致合同无效+抵押权未设立”，实务中需通过合规审查、合同设计、替代担保等方式降低风险。若已涉及纠纷，建议根据具体情形选择合同无效救济、行政协商或替代担保等路径解决。