违章建筑被侵占，可通过以下两种途径处理，但需注意违章建筑本身的法律风险：

1. 确认侵占行为性质，通过协商或法律途径解决

   • 若侵占行为涉及非法侵入、破坏财产等，可先尝试与侵占方协商，要求其停止侵害、返还财产或赔偿损失。
     
   • 若协商无果，可向公安机关报案（如涉及故意毁坏财物、寻衅滋事等违法行为），或直接向法院提起民事诉讼，主张“返还原物”“排除妨害”或“赔偿损失”。
     
   • 关键点：需提供证据证明对违章建筑的实际控制（如占有、使用证据），但需注意，违章建筑本身不受法律保护，法院可能仅支持“返还实际占有的物品”或“赔偿因侵占导致的直接损失”，而不会确认对违章建筑的“所有权”或“使用权”。

2. 警惕违章建筑的法律风险，谨慎主张权利

   • 违章建筑因未取得合法规划许可，可能面临被行政机关强制拆除、没收或罚款的风险。若建筑被认定为违法，主张“返还原物”或“赔偿”可能因建筑合法性存疑而受限制。
     
   • 建议：在处理侵占纠纷前，先评估建筑是否可能被认定为违章建筑，以及行政机关是否已启动查处程序。若建筑确属违章，需权衡主张权利的成本与收益，避免因维权导致更大损失。

补充说明：

• 若侵占行为伴随暴力、威胁等手段，可能涉及刑事犯罪（如抢劫、敲诈勒索），应立即报警。
  
• 若建筑虽未取得规划许可，但已通过补办手续、行政处罚等方式“合法化”，则可依法主张权利。
  

行动建议：

1. 收集证据（如现场照片、视频、证人证言、占有使用证明等）；
   
2. 咨询律师，评估建筑合法性及维权可行性；
   
3. 根据律师建议，选择协商、报警或诉讼等途径解决。
   

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