针对您提出的“违法占地遭到破坏怎么处理”的问题，以下是一些具体的处理方式和建议，供您参考：
一、处理方式
申请查处：
- 根据《土地管理法》的规定，如遇未经批准或骗取批准非法占用土地的情况，您可以向县级以上人民政府自然资源主管部门申请查处。
- 主管部门在查证属实后，将责令违法用地人退还非法占用的土地，并对违反土地利用总体规划改变土地性质的行为进行相应处理，如限期拆除、没收建筑物、罚款等。
提起行政诉讼：
- 若土地及房屋存在征收项目，且未经合法程序征收或未签订安置补偿协议即被违法占用，您应留存相关证据（如照片、视频等）。
- 证据齐备后，可向人民法院提起行政诉讼，要求确认违法占地行为违法，并判令返还所占土地。若土地被破坏或改变用途，还可要求恢复原状或赔偿损失。
向土地督察机构举报：
- 国家设立了土地督察制度，以严格打击违法占地行为。您可以向国家土地督察局或地方督察局（如国家土地督察北京局等）进行举报。
- 土地督察机构将对您反映的情况进行调查，并依法进行处理。
二、处理建议
及时采取行动：
- 一旦发现违法占地行为，应尽快采取措施进行制止和举报，以防止损失进一步扩大。
保留证据：
- 在处理过程中，务必保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
了解法律法规：
- 熟悉相关土地管理法律法规，以便更好地维护自己的合法权益。
咨询专业人士：
- 如遇复杂情况或不确定如何处理，建议咨询专业律师或相关机构以获取更专业的建议和指导。
综上所述，针对违法占地遭到破坏的情况，您可以通过申请查处、提起行政诉讼以及向土地督察机构举报等方式进行处理。在处理过程中，请务必保留好相关证据，并了解相关法律法规以更好地维护自己的合法权益。