结论：发包人欠付实际施工人的工程款，一般不应扣减已经被其他法院冻结的款项，但具体还需根据款项性质、冻结原因及法律规定综合判断。以下从不同角度进行分析：
从合同相对性原则出发
- 实际施工人与发包人之间通常存在直接的或间接的合同关系（如转包、违法分包等情形下的实际施工关系）。根据合同相对性原则，发包人欠付实际施工人的工程款，是基于双方之间的合同关系产生的债务。
- 已经被其他法院冻结的款项，往往是发包人因其他法律关系（如与其他债权人的债务纠纷）而被采取的强制执行措施。这种冻结措施并不直接改变发包人与实际施工人之间的债权债务关系。
- 因此，从合同相对性原则来看，发包人欠付实际施工人的工程款，不应因其他法院的冻结措施而自动扣减。
从执行程序中的优先权角度考虑
- 在执行程序中，如果多个债权人对同一债务人（发包人）的财产申请执行，且该财产不足以清偿全部债务，那么就需要考虑债权的优先顺序。
- 然而，在实际施工人与发包人的工程款纠纷中，实际施工人往往享有优先受偿权（如建设工程价款优先受偿权），这种优先权可能优先于其他普通债权。
- 即便如此，这种优先受偿权也并不直接导致已经被其他法院冻结的款项被扣减给实际施工人，而是需要在执行程序中通过法定程序来主张和实现。例如，实际施工人可以向执行法院提出执行异议，要求参与分配或优先受偿。
从冻结措施的效力范围分析
- 冻结措施是法院对债务人财产采取的一种强制执行措施，其效力范围通常限于被冻结的财产本身。
- 冻结措施并不改变财产的所有权或债权债务关系，只是限制了债务人对该财产的处分权。
- 因此，发包人欠付实际施工人的工程款，不会因为发包人的其他财产被冻结而自动减少或消失。实际施工人仍有权要求发包人按照合同约定支付工程款。
特殊情况下的考虑
- 如果已经被冻结的款项本身就是发包人应支付给实际施工人的工程款，且冻结措施是在实际施工人起诉或申请执行之前采取的，那么实际施工人可能需要通过法定程序（如提出执行异议、参与分配等）来主张自己的权益。
- 另外，如果发包人与实际施工人之间的合同存在无效或可撤销的情形，或者发包人能够证明实际施工人存在过错导致工程款减少等情况，那么发包人可能有权要求扣减相应的工程款。但这些情况与冻结措施本身无直接关联。
法律建议：
- 对于实际施工人而言，如果发现发包人欠付工程款且该款项已被其他法院冻结，应及时向执行法院提出执行异议或参与分配申请，以维护自己的合法权益。
- 对于发包人而言，应严格遵守合同约定支付工程款，避免因拖欠工程款而引发法律纠纷。同时，在面临多个债权人的执行申请时，应积极配合法院的执行工作，并依法主张自己的权益。
可能法律后果：
- 如果实际施工人未及时主张自己的权益，可能导致其无法优先受偿或参与分配被冻结的款项。
- 如果发包人恶意拖欠工程款或试图通过冻结措施逃避债务，可能面临法律制裁和信用损失等后果。