关于实际施工人向违法转包、分包、被挂靠方和发包方索要工程款时，是否应先扣减违法转包、分包、被挂靠方已支付的税金的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合分析判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

一、合同相对性原则的角度

1. 实际施工人与违法转包、分包方的合同关系：

   • 实际施工人通常与违法转包、分包方之间存在直接的合同关系。如果合同中明确约定了税金的承担方式，比如约定由实际施工人承担税金，那么在实际施工人索要工程款时，违法转包、分包方有权要求扣减已支付的税金。
   • 如果合同中没有明确约定税金的承担方式，那么根据合同法的相关规定，双方可以协商解决。如果协商不成，可能需要通过诉讼或仲裁等方式来确定税金的承担方。

2. 实际施工人与被挂靠方、发包方的关系：

   • 实际施工人与被挂靠方、发包方之间通常不存在直接的合同关系。因此，从合同相对性的角度来看，被挂靠方、发包方没有直接要求扣减税金的权利。
   • 但是，如果被挂靠方、发包方已经实际支付了税金，并且能够证明这些税金与实际施工人的工程款有关联，那么他们可能在实际施工人索要工程款时，提出相应的抗辩或反诉，要求实际施工人承担部分或全部税金。

二、税法规定的角度

• 根据税法的相关规定，税金的承担通常与纳税义务人的身份有关。如果实际施工人是纳税义务人，那么他应当承担相应的税金。
• 如果违法转包、分包方、被挂靠方或发包方已经代实际施工人支付了税金，那么他们有权在实际施工人索要工程款时，要求实际施工人返还或扣减相应的税金。但是，这需要他们能够提供充分的证据来证明已经代实际施工人支付了税金。

三、司法实践的角度

• 在司法实践中，法院或仲裁机构在处理类似纠纷时，通常会综合考虑合同约定、税法规定以及双方的实际履行情况等因素来做出裁决。
• 如果合同中没有明确约定税金的承担方式，且双方无法协商一致，那么法院或仲裁机构可能会根据公平原则、诚实信用原则等法律原则来裁决税金的承担方。

四、建议

1. 对于实际施工人：

   • 在签订合同时，应当明确约定税金的承担方式，以避免后续纠纷。
   • 在索要工程款时，应当准备好相关的证据材料，以证明自己的主张。

2. 对于违法转包、分包方、被挂靠方和发包方：

   • 如果已经代实际施工人支付了税金，应当保留好相关的支付凭证和证据材料。
   • 在实际施工人索要工程款时，如果认为有权要求扣减税金，应当及时提出抗辩或反诉，并提供充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，是否应先扣减违法转包、分包、被挂靠方已支付的税金，需要根据合同约定、税法规定以及双方的实际履行情况等因素来综合分析判断。如果你在实际操作中遇到具体问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。