针对发包人主张将其已向合法分包人、实际施工人支付的工程款予以抵扣的问题，我们可以从以下几个角度进行详细分析和处理：

1. 审查合同约定

• 合同条款：首先，需要仔细审查建设工程合同中是否有关于工程款抵扣的明确约定。这包括抵扣的具体条件、金额、方式以及程序等。如果合同中有明确且合法的抵扣条款，并且发包人已支付的款项符合这些条件，那么发包人主张抵扣是有合同依据的。
• 条款合法性：同时，要判断合同中的抵扣条款是否合法有效，是否存在显失公平、欺诈、胁迫等可撤销情形。若存在这些情形，承包人有权依法主张撤销相关条款。

2. 核实抵扣款项的真实性与合理性

• 证据要求：发包人主张抵扣工程款，必须提供充分的证据来证明抵扣款项的真实性。这包括但不限于维修合同、支付凭证、项目明细等，以证明费用确实发生且与工程施工相关。
• 费用关联性：需要核实费用发生的时间与工程施工的关联性，排除无关或不合理费用。例如，如果发包人主张抵扣的款项与工程质量问题相关，但质量问题并非由承包人造成，或者该费用并非因承包人原因而产生，那么这些费用就不应被抵扣。
• 计算依据：审查抵扣款项的计算依据是否合理，是否符合市场行情、行业惯例。如果合同中有约定计算标准，应严格遵循；无约定的，则参照市场价格、行业通常标准来确定。

3. 法定抵扣情形的适用

• 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人互负债务，且债务标的物种类、品质相同的，任何一方可以将自己的债务与对方的到期债务抵销。但法律禁止或合同性质不允许的情况除外。因此，如果发包人对承包人的借款债权与承包人对发包人的工程款债权符合法定条件，可以相互抵销。
• 抵销程序：发包人行使抵销权时，需满足法定条件，如在合理期限内以适当方式（如书面通知）向承包人表明抵销意图。抵销通知自到达对方时生效，且抵销不得附条件或者附期限。

4. 处理程序与争议解决

• 协商解决：鼓励双方通过友好协商解决抵扣问题。在协商过程中，可以明确抵扣事项并签订书面协议，以避免后续争议。
• 调解：如果协商不成，可以寻求第三方调解机构的帮助。调解机构可以依据法律法规、合同约定以及公平原则提出解决方案。
• 仲裁或诉讼：如果协商和调解均无法解决问题，可以根据合同约定的争议解决方式选择仲裁或诉讼。在仲裁或诉讼过程中，双方应提交证据、进行陈述和辩论，由仲裁机构或法院依法裁决。

5. 特殊情况处理

• 工程质量与工期问题：如果抵扣款项与工程质量、工期延误等问题相关，需要先判断这些问题是否存在以及责任归属。根据具体情况合理确定是否可进行抵扣及抵扣金额。
• 实际施工人权益：在实际施工人参与施工的情况下，还需要考虑实际施工人的权益保护问题。如果发包人主张抵扣的款项涉及实际施工人的利益，需要确保实际施工人的合法权益不受侵害。

示例说明

假设在一个建设工程中，发包人与承包人签订了施工合同，并约定了工程款支付方式和抵扣条款。在施工过程中，发包人因某些原因向合法分包人或实际施工人支付了部分款项。现在发包人主张将这些款项抵扣承包人的工程款。在这种情况下，我们需要首先审查合同中的抵扣条款是否合法有效；然后核实发包人提供的支付凭证等证据是否真实有效；接着判断这些费用是否与工程施工相关且合理；最后根据法定条件和程序来处理抵扣问题。

综上所述，处理发包人主张工程款抵扣的问题需要综合考虑合同约定、法律法规以及实际情况等多个方面。作为律师，我将根据具体情况为当事人提供专业的法律建议和帮助，协助其妥善处理相关争议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。