发包方已付工程款在总承包方能否予以扣减，取决于双方的合同约定及实际情况。各地法院在执行时，会依据相关法律法规及合同条款进行具体判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定是关键：

   • 如果发包方与总承包方在合同中明确约定了工程款支付、扣减等相关条款，那么法院在执行时会首先遵循这些约定。
   • 例如，双方在补充协议中就扣减款项达成了一致，那么发包方就不能再主张按原总承包合同金额进行扣减，法院也不会支持这样的主张。

2. 实际情况的考量：

   • 法院在执行时，还会考虑实际施工情况、工程款支付情况等因素。
   • 如果发包方已经按照合同约定支付了部分工程款，且这部分工程款与总承包方的施工进度、质量等相符，那么总承包方通常不能无故要求扣减。

3. 法律法规的约束：

   • 法院在执行过程中，必须遵循相关法律法规的规定。
   • 如果合同条款与法律法规相冲突，那么法院会优先适用法律法规。

4. 案例参考：

   • 通过实际案例，我们可以看到法院在处理此类纠纷时的态度和做法。
   • 例如，在某案例中，发包方与总承包方在补充协议中约定了建筑工程部分由发包方自行施工，并明确了扣减金额。后来发包方主张按原合同金额扣减，但法院未予支持，而是按照补充协议的约定进行了判决。

综上所述，发包方已付工程款在总承包方能否予以扣减，需要综合考虑合同约定、实际情况以及法律法规等因素。如果你在具体案件中遇到此类问题，建议详细查阅合同条款及相关法律法规，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。