结论前置：在过时效不予处罚的案件中，是否还需要没收违法所得，需根据具体法律法规和案件情况来判断。一般来说，若相关法律法规明确规定了违法所得的没收，且该规定不受处罚时效限制，则仍需没收；若未明确规定或规定受时效限制，则可能不再没收。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律法规的明确规定
行政处罚法相关规定：
- 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。”这一条款主要规定了行政处罚的时效问题，但并未直接涉及违法所得的没收。
- 然而，若其他法律法规对违法所得的没收有明确规定，且该规定与行政处罚的时效无直接关联，则即使行政处罚因时效问题不再给予，违法所得仍可能被没收。
其他专门法律法规：
- 在某些特定领域，如市场监管、税务、海关等，可能有专门的法律法规对违法所得的没收作出具体规定。这些规定可能不受行政处罚时效的限制，或者对时效有特别的规定。
- 例如，在税务领域，若纳税人存在偷税、逃税等违法行为，即使因时效问题不再给予行政处罚，税务机关仍可能根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关规定，追缴其少缴或未缴的税款及滞纳金，并可能对违法所得进行没收。
二、案件具体情况的考量
违法所得的性质与来源：
- 违法所得的性质和来源是判断是否需要没收的重要因素。若违法所得与违法行为直接相关，且属于非法所得，则更有可能被没收。
- 例如，在走私案件中，走私物品的价值或走私所得的利润通常被视为违法所得，即使因时效问题不再对走私行为给予行政处罚，走私所得仍可能被海关没收。
违法行为的严重程度与后果：
- 违法行为的严重程度和后果也是判断是否需要没收违法所得的考虑因素。若违法行为情节严重，造成了较大的社会危害或经济损失，则更有可能对违法所得进行没收。
- 例如，在环境污染案件中，若企业违法排放污染物，造成了严重的环境污染和生态破坏，即使因时效问题不再对企业给予行政处罚，环保部门仍可能根据相关法律法规，追缴其违法所得（如排污费减免、环保补贴等不当利益）或要求其承担环境修复费用。
三、实践中的操作与判断
行政机关的自由裁量权：
- 在实际操作中，行政机关可能根据案件的具体情况和法律法规的规定，行使一定的自由裁量权，决定是否对违法所得进行没收。
- 这种自由裁量权的行使应遵循合法、合理、公正的原则，确保行政决定的合法性和合理性。
司法审查与监督：
- 若行政机关的决定涉及违法所得的没收，且当事人对该决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 司法机关将对行政机关的决定进行审查，确保其符合法律法规的规定和合法、合理、公正的原则。
法律建议：在处理过时效不予处罚案件时，若涉及违法所得的没收问题，建议当事人首先查阅相关法律法规的规定，了解违法所得是否应被没收以及没收的具体条件和程序。同时，也可以咨询专业律师（如我）的意见，以便更准确地判断案件情况和制定应对策略。如有具体法律问题，欢迎直接向我咨询。