行政案件已过追究时效的，一般不可以再没收违法所得，但特定情形下仍可能面临处理。以下从不同角度进行分析：
一、一般原则：已过追究时效，不再给予行政处罚，通常也不再没收违法所得
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条的规定：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。” 这一条款明确了行政处罚的追究时效，即违法行为在法定时效内未被发现，将不再给予行政处罚。
没收违法所得作为行政处罚的一种形式，同样受到追究时效的限制。因此，在一般情况下，如果行政案件已经过了追究时效，行政机关将不再对违法行为人给予没收违法所得的行政处罚。
二、特定情形：虽已过追究时效，但仍可能面临其他处理
法律另有规定的情形：
- 如果存在其他法律、法规对特定违法行为的追究时效有特别规定，且该规定长于《行政处罚法》规定的时效，那么在该特别规定的时效内，行政机关仍可能对违法行为人进行处罚，包括没收违法所得。但这种情况较为少见，且需具体法律、法规的明确规定。
违法行为持续或继续的情形：
- 如果违法行为具有连续或者继续状态，那么追究时效将从行为终了之日起计算。这意味着，即使违法行为开始的时间已经超过了通常的追究时效，但只要行为在时效期内仍在继续，行政机关仍可能对其进行处罚。然而，这并不意味着可以无限期地追溯和处罚，而是受到行为终了时间的限制。
其他法律后果：
- 即使行政案件已经过了追究时效，违法行为人仍可能面临其他法律后果。例如，如果违法行为构成了犯罪，那么即使行政处罚的追究时效已过，刑事责任的追究可能仍不受影响。此外，违法行为人还可能面临民事赔偿、信用惩戒等其他非行政处罚性的法律后果。
三、实务建议
- 对于行政机关：在行使职权时，应严格遵守追究时效的规定，避免对已过时效的违法行为进行处罚。同时，应加强对违法行为的监管和发现能力，确保在时效期内对违法行为进行及时处理。
- 对于违法行为人：应了解并遵守相关法律法规的规定，避免实施违法行为。如果已经实施了违法行为且已过追究时效，虽然可能不再面临行政处罚，但仍应认识到违法行为的严重性，并努力纠正错误、弥补损失。
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