结论前置：即使刑事案件已经过了追诉时效，对于犯罪分子的违法所得，仍然应当依法予以追缴。这是法律明确规定的责任，旨在维护法律的公正性和权威性，确保被害人的合法权益得到保护，同时防止犯罪分子因时效问题而逃避对违法所得的制裁。
一、法律依据
《中华人民共和国刑法》第六十四条明确规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。这一条款为追缴违法所得提供了明确的法律依据，且该责任独立于刑事追诉，不受追诉时效的限制。
《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条规定，虽然犯罪已过追诉时效期限的不追究刑事责任，但追缴违法所得作为另一种法律责任，并不受此限制。这意味着，即使犯罪嫌疑人的刑事责任因追诉时效而免除，其违法所得仍应依法被追缴。
二、追缴范围
追缴的范围广泛，包括但不限于：
- 犯罪分子通过犯罪手段直接获得的财物及其产生的收益；
- 被害人的合法财产，这部分财产在追缴后应及时返还给被害人；
- 违禁品和供犯罪所用的本人财物，这些应予以没收。
三、追缴方式及程序
常规追缴方式：
- 司法机关可以通过查封、扣押、冻结等方式对违法所得进行追查和收缴。
- 若违法所得已被挥霍或无法足额追缴，应责令犯罪分子退赔。
特别程序：
- 针对贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，若犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡，并满足特定条件（如通缉一年后不能到案），可启动违法所得没收程序。
- 该程序由人民检察院向人民法院提出没收违法所得的申请，由犯罪地或嫌疑人居住地的中级人民法院审理。
- 法院受理申请后发出公告，公告期为六个月。利害关系人有权申请参加诉讼，法院将依据证据进行审理。
民事诉讼途径：
- 若犯罪行为导致被害人物质损失，被害人可通过民事诉讼要求返还违法所得。即使刑事案件因追诉期不再追究，民事权利仍有效。
- 操作流程包括收集证据，向有管辖权的人民法院提起诉讼，法院根据证据和法律进行判决。
行政途径：
- 对于违反行政法规的违法行为，行政机关有权追缴违法所得。
- 处理程序涉及调查取证、作出行政处理决定，并可能采取强制执行措施。
四、后续处理
- 追缴回的违法所得，属于被害人的合法财产应及时返还。
- 其他财物原则上应予以没收，并上缴国库，以确保不被犯罪分子利用。
五、特殊情况下的处理
- 涉及国际公约或国际合作的情况：对于某些特定的跨国犯罪，如国际贩毒、恐怖主义融资等，即使犯罪已过国内法规定的追诉时效期限，但如果涉及国际公约的规定以及国际司法合作的需要，仍可能需要根据国际公约和相关国家之间的司法协助协议来处理违法所得。
六、法律后果与意义
- 法律后果：不依法追缴违法所得可能导致法律秩序的破坏、被害人权益的受损以及犯罪分子逃避法律制裁。
- 法律意义：追缴违法所得是维护法律公正性和权威性的重要手段，也是保护被害人合法权益、防止犯罪分子获益的必要措施。
综上所述，无论案件是否已过追诉期，对于犯罪分子的违法所得，法律均规定了明确的追缴程序和方式。这既体现了对被害人权益的保护，也彰显了法律的严肃性和公正性。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。