核心结论：在超行政处罚时效的不起诉案件中，非法所得的处理需分情况讨论，主要取决于案件性质、法律适用及司法机关的具体处理方式。以下从不同角度展开分析：

1. 行政处罚时效届满的法律后果
   根据《行政处罚法》第三十六条，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚（涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，时效延长至五年）。若案件已超行政处罚时效，行政机关原则上不得对违法行为人作出行政处罚，但这并不直接免除其对非法所得的处理责任。

   • 非法所得的独立性：非法所得是违法行为的直接产物，其处理不必然受行政处罚时效限制。例如，在市场监管领域，即使行政处罚时效已过，司法机关仍可能通过民事诉讼或刑事程序追缴非法所得。
     
   • 司法机关的介入：若案件进入刑事程序（如检察院作出不起诉决定），非法所得的处理需依据《刑法》第六十四条（犯罪物品的处理）或相关司法解释。此时，行政处罚时效的届满不影响司法机关对非法所得的追缴或没收。

2. 不起诉案件中非法所得的处理路径
   不起诉决定分为法定不起诉、酌定不起诉和证据不足不起诉三种情形，非法所得的处理方式因情形而异：

   • 法定不起诉（如情节显著轻微、已过追诉时效等）：若不起诉基于“已过追诉时效”，则刑事程序终止，但非法所得可能通过以下方式处理：
     
     • 行政机关追缴：若违法行为同时违反行政法规（如市场监管、税务等），行政机关可依据《行政处罚法》第二十八条（没收违法所得）或其他单行法规定，独立启动非法所得追缴程序，不受刑事追诉时效影响。
       
     • 民事追偿：受害方可通过民事诉讼要求返还非法所得（如诈骗案件中的被骗资金），此时时效适用《民法典》关于诉讼时效的规定（通常为三年）。
       
   • 酌定不起诉（如犯罪情节轻微）：检察院可依据《刑事诉讼法》第一百七十七条，在不起诉的同时建议行政机关给予行政处罚，或直接要求违法行为人退缴非法所得。
     
   • 证据不足不起诉：若证据不足导致不起诉，但后续发现新证据，司法机关可重新启动程序；若非法所得已被查封、扣押，司法机关可依法处理（如返还被害人或上缴国库）。

3. 实务中的关键点

   • “一事不再罚”原则的适用：若行政机关已对非法所得作出处理（如没收），司法机关原则上不得重复处理；反之亦然。但若行政处理与司法处理性质不同（如行政罚款与刑事罚金），可能并行不悖。
     
   • 非法所得的认定标准：需明确非法所得的范围（如是否包括孳息、是否扣除合法成本等），避免扩大或缩小追缴范围。
     
   • 程序衔接问题：行政机关与司法机关需加强信息共享，避免因时效问题导致非法所得“脱管”。例如，检察院作出不起诉决定后，应及时将案件移送行政机关处理非法所得。

建议：若涉及具体案件，需结合违法行为类型、时效计算起点、证据情况等综合判断。如有疑问，可直接向我咨询，我将结合实务经验提供针对性分析。