犯罪时效过了不追究刑事责任时，违法所得的处理程序需分情况讨论：

1. 违法所得已被追缴或没收的情况
   若在追诉时效期限内，司法机关已依法对违法所得采取追缴、没收等措施（如冻结银行账户、查封财产等），即使后续因超过追诉时效不再追究刑事责任，已执行的财产处置程序通常不会因时效问题而撤销。例如，犯罪嫌疑人通过诈骗获得的赃款已被公安机关扣押并上缴国库，即使案件因时效终止，该处置结果仍有效。

2. 违法所得未被追缴或没收的情况
   若在追诉时效期限内，司法机关未对违法所得采取任何措施，且案件因超过时效不再追究刑事责任，原则上不再主动追缴违法所得。但需注意以下例外情形：

   • 民事赔偿优先：若受害方通过民事诉讼主张权利（如提起侵权之诉），法院可判决犯罪嫌疑人返还违法所得或赔偿损失。此时，违法所得的处理程序转为民事执行程序，不受刑事追诉时效限制。
     
   • 行政处罚补充：若违法行为同时违反行政法规（如非法经营、偷税漏税等），行政机关可依据《行政处罚法》对违法所得予以没收，即使刑事追诉时效已过。例如，因超过追诉时效未追究刑事责任的非法集资案件，市场监管部门仍可对涉案公司处以罚款并没收违法所得。
     

3. 特殊情形：追诉时效中断或延长
   若存在法定中断事由（如犯罪嫌疑人逃避侦查、被害人提出控告等），追诉时效可能重新计算；若案件涉及国家安全、恐怖活动等特殊罪名，追诉时效可能延长。在此类情形下，违法所得的处理程序仍需以刑事诉讼的最终结果为依据，可能涉及追缴或没收。

总结：犯罪时效过期后，违法所得的处理需结合是否已执行、是否涉及民事赔偿或行政处罚等因素综合判断。若您遇到具体案件，可进一步向我提供细节，我将结合法律条文与实务经验为您详细分析。