结论前置：厂长无权擅自扣回已发放工资，您有权拒绝并可通过合法途径维权。以下从法律定性、维权步骤、注意事项三个角度展开分析：

一、法律定性：厂长的行为涉嫌违法

根据《劳动法》第五十条及《工资支付暂行规定》第十五条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，用人单位不得克扣或无故拖欠劳动者工资。厂长在工资发放后要求返还1000元，除非符合以下法定情形，否则属于违法行为：

1. 代扣代缴义务：如代扣个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费等法定项目；
2. 劳动者造成损失赔偿：因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准；
3. 劳动者同意的扣减：如双方协商一致扣除部分工资用于特定用途（如预支借款、培训费分期返还等），但需书面协议。

若厂长无法证明符合上述情形，其要求返还工资的行为可能构成“克扣工资”，您有权拒绝。

二、维权步骤：分阶段主张权利

1. 协商沟通
   首先与厂长或人事部门沟通，要求其出具书面扣款依据（如劳动合同条款、损失证明、代扣授权书等）。若对方无法提供，明确告知其行为违法并要求立即停止。

2. 投诉举报
   若协商无果，可向当地劳动监察大队投诉（可通过“国务院客户端”小程序或拨打12333热线），提交工资条、银行流水、沟通记录等证据，要求劳动部门介入调查并责令用人单位补发工资。

3. 申请仲裁
   若投诉未解决，可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张：

   • 用人单位支付被克扣的工资1000元；
     
   • 若因克扣工资导致被迫离职，可同时主张经济补偿金（按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。

4. 诉讼途径
   对仲裁结果不服的，可在收到裁决书后15日内向法院提起诉讼。

三、注意事项：避免维权风险

1. 证据固定
   保留工资条、银行转账记录、与厂长的沟通记录（如微信、录音等），证明工资发放及被要求返还的事实。

2. 合法合规维权
   避免采取过激行为（如罢工、损坏财物等），否则可能因违反《劳动合同法》第三十九条被用人单位合法解除劳动合同，且无法主张经济补偿。

3. 关注时效
   劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快行动。

总结：厂长的要求缺乏法律依据，您有权拒绝并依法维权。若需进一步协助，可直接向我咨询具体操作流程或证据准备细节。