针对您提出的“车祸车主在医院两天后跑了怎么处理”的问题，这确实是一个涉及交通肇事逃逸的严肃法律问题。以下是我根据相关法律法规和案例，为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，交通肇事逃逸并没有时间和场所的限定。这意味着，即使肇事者最初将伤者送至医院，但如果在之后未接受交通管理部门的处理而自行离开，这种行为仍然可能被视为交通肇事后逃逸。
在您描述的情况中，车祸车主在医院两天后离开，如果这一行为是在未报案、未给伤者或家属留下真实姓名和联系方式、未听候交通管理部门处理或配合调查的情况下发生的，那么这种行为很可能构成交通肇事后逃逸。
交通肇事后逃逸的法律后果是严重的。根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，造成交通事故后逃逸，尚不构成犯罪的，由公安机关交通管理部门处二百元以上二千元以下罚款，并可能记12分、扣留机动车驾驶证。如果逃逸行为构成犯罪，还将面临更严厉的刑事处罚。
针对您的情况，我建议您采取以下措施：
立即报警：向当地交通管理部门报告这一逃逸行为，提供尽可能多的线索，如车主的车辆信息、逃跑方向等，以便警方能够迅速展开调查。
保留证据：收集并保留所有与事故相关的证据，包括现场照片、医疗记录、证人证言等。这些证据将在后续的法律程序中起到关键作用。
咨询法律专业人士：由于交通肇事逃逸涉及复杂的法律问题，我建议您咨询一位专业的律师或法律顾问，以了解您的权益和可能的法律途径。
配合警方调查：在警方调查过程中，积极配合并提供所需的信息和协助。这将有助于警方更快地查明事实真相，并依法处理逃逸车主。
最后，我想强调的是，交通肇事逃逸不仅是对受害者权益的严重侵害，也是对社会公共秩序和法律尊严的挑战。因此，我们每个人都应该严格遵守交通法规，尊重他人的生命和财产安全，共同营造一个安全、有序的交通环境。