结论前置：店长因商品过期未检查而罚店员钱这一行为是否合法合理，需分情况讨论，店员可根据具体情况采取不同措施维护自身权益。以下是具体分析：
- 从劳动合同及规章制度角度
- 若规章制度合法有效且店员知晓：如果店铺有明确、合法制定且已向店员公示或告知的规章制度，其中规定了店员对于商品检查的职责以及未履行该职责的相应处罚措施，且该处罚措施不违反法律法规的强制性规定（比如罚款金额合理，未超出合理限度等）。在这种情况下，店长依据规章制度对店员进行罚款，从合同和内部管理规则层面来说，是有一定依据的。但即便如此，店铺作为用人单位，其罚款权力也受到严格限制，不能随意设定高额罚款。一般来说，罚款金额应与店员的过错程度相适应，不能以罚款为目的进行过度处罚。
- 若规章制度不合法或店员不知晓：如果店铺的规章制度制定程序不合法，例如未经职工代表大会或者全体职工讨论，没有与工会或者职工代表平等协商确定；或者没有向店员进行公示、告知，店员根本不知道有这样的规定；又或者规章制度中的处罚措施违反了法律法规的强制性规定，比如规定对店员进行巨额罚款等。在这种情况下，店长依据这样的规章制度对店员罚款就是不合法的，店员有权拒绝接受罚款。
- 从法律对罚款主体的限制角度
- 店铺一般无权直接罚款：在我国，除了行政机关依据法律、法规的规定，对违反行政法规的公民、法人或其他组织进行行政处罚（如罚款）外，其他主体一般没有罚款权。店铺作为用人单位，并不属于行政机关，所以其直接对店员进行罚款的行为在法律上缺乏明确的依据。如果店长以罚款为由克扣店员工资，店员可以依据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。也就是说，即使是因为店员未检查出商品过期给店铺造成损失，店铺也只能按照上述规定从店员工资中扣除一定比例作为赔偿，而不是直接罚款。
- 特殊情况：如果店铺与店员在劳动合同中明确约定了因店员过错导致商品过期等情况下的赔偿方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么店铺可以按照合同约定要求店员进行赔偿，但也不是罚款。
建议措施：
- 与店长沟通协商：店员可以先与店长进行友好沟通，了解店长罚款的具体依据和理由。如果认为罚款不合理，可以向店长说明自己的观点，例如指出规章制度存在的问题或者强调罚款行为缺乏法律依据等，争取通过协商解决问题。
- 向劳动监察部门投诉：如果沟通协商无果，店员可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，包括对非法罚款等侵犯劳动者权益的行为进行纠正和处罚。
- 申请劳动仲裁：店员还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求确认店铺的罚款行为违法，并要求店铺返还被罚款的金额。如果对劳动仲裁结果不服，还可以向人民法院提起诉讼。