核心结论：小股东霸占公司房屋属于侵害公司权益的行为，可通过协商、内部治理程序、民事诉讼或刑事控告等途径解决，具体需结合实际情况选择合适方式。以下分情况说明：

1. 优先尝试协商解决

若小股东霸占房屋的行为尚未造成严重损失，或双方仍存在沟通空间，建议通过协商解决。例如：

• 明确房屋用途：确认小股东是否因特殊原因（如临时办公需求）占用房屋，要求其限期腾退并签署书面承诺；
• 补偿协商：若小股东因占用房屋产生合理支出（如装修费用），可协商补偿方案，但需以公司利益为前提；
• 书面协议：协商达成一致后，签订书面协议明确腾退时间、违约责任等，避免后续纠纷。

法律依据：根据《民法典》第235条，无权占有不动产的，权利人可以请求返还原物。协商是成本最低、效率最高的解决方式。

2. 通过公司内部治理程序解决

若协商无果，可依据公司章程或《公司法》启动内部治理程序：

• 召开股东会/董事会：提议召开股东会或董事会，形成决议要求小股东腾退房屋；
• 行使股东权利：若小股东同时担任董事或高管，可依据《公司法》第152条，以股东身份提起股东代表诉讼，要求其停止侵害公司利益；
• 修改公司章程：若房屋占用问题频繁发生，可在章程中明确房屋使用规则（如需董事会批准、占用期限等），从制度层面预防类似行为。

注意：内部治理程序需严格遵循公司章程和《公司法》规定的程序（如提前通知、表决比例等），否则决议可能被认定无效。

3. 提起民事诉讼

若内部程序无法解决问题，可向法院提起民事诉讼：

• 案由选择：以“返还原物纠纷”或“侵权责任纠纷”为案由，要求小股东返还房屋并赔偿损失（如租金损失、房屋损坏修复费用等）；
• 证据准备：需提供房屋产权证明、小股东占用房屋的证据（如照片、视频、证人证言）、公司决议要求腾退的证明等；
• 执行保障：若胜诉后小股东仍不履行，可申请法院强制执行，包括查封、拍卖其股权或财产。

法律依据：根据《民法典》第1165条，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。

4. 刑事控告（极端情况）

若小股东的行为涉嫌犯罪（如故意毁坏财物、职务侵占等），可向公安机关报案：

• 职务侵占罪：若小股东利用职务便利，将公司房屋据为己有或用于个人用途，且数额较大（6万元以上），可能构成职务侵占罪；
• 故意毁坏财物罪：若小股东故意损坏房屋结构或设施，数额较大（5000元以上）或有其他严重情节，可能构成故意毁坏财物罪。

注意：刑事控告需严格符合犯罪构成要件，且需公安机关立案侦查，程序较为复杂，建议作为最后手段。

5. 其他辅助措施

• 申请财产保全：在诉讼或仲裁过程中，可申请法院查封房屋，防止小股东转移财产；
• 媒体曝光（谨慎使用）：若小股东行为恶劣且影响公司声誉，可通过合法途径曝光，但需避免侵犯其名誉权。

总结：小股东霸占公司房屋的问题需结合具体情况选择解决方式。建议优先协商，协商无果则通过内部治理程序或民事诉讼解决，极端情况下可考虑刑事控告。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程和证据准备要点。