结论：在劳务派遣协议期满，用工单位不续签但劳动者正处于怀孕期的情况下，用工单位不能直接终止与劳动者的用工关系，否则将承担相应的法律责任。
法律背景与解释：
特殊保护原则：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这一规定同样适用于劳务派遣中的劳动者。即，即使劳务派遣协议期满，用工单位也不能因劳动者怀孕而直接终止用工关系。
劳务派遣的特殊性：
- 在劳务派遣关系中，虽然劳动者与劳务派遣单位签订劳动合同，但实际用工是由用工单位进行的。因此，当劳务派遣协议期满时，用工单位若想终止用工关系，需与劳务派遣单位协商，并考虑劳动者的特殊情况。
- 若用工单位不续签劳务派遣协议，且劳动者正处于怀孕期，用工单位应与劳务派遣单位协商，确保劳动者的权益不受损害。这可能包括继续派遣至其他用工单位、由劳务派遣单位直接安排工作，或者按照法律规定支付经济补偿等。
法律责任：
- 如果用工单位违反规定，直接终止与怀孕劳动者的用工关系，将可能面临法律责任。这包括但不限于支付违法解除劳动合同的赔偿金、恢复劳动关系等。
- 赔偿金的具体数额将根据劳动者的工资水平、工作年限以及违法解除劳动合同的具体情况来确定。
法律建议：
- 对于用工单位：在劳务派遣协议期满前，应提前评估劳动者的特殊情况（如怀孕、患病等），并据此作出合理的决策。若决定不续签，应与劳务派遣单位协商，确保劳动者的权益得到妥善保障。
- 对于劳动者：若遇到用工单位在劳务派遣协议期满且自己正处于怀孕期时不续签的情况，应首先与用工单位和劳务派遣单位进行沟通，了解具体原因和解决方案。若沟通无果，可依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
可能后果：
- 若用工单位违法终止与怀孕劳动者的用工关系，将可能面临劳动争议调解仲裁机构的裁决，要求支付赔偿金或恢复劳动关系等。
- 此外，用工单位的违法行为还可能对其声誉和形象造成负面影响，影响其未来的业务发展和人才招聘。
综上所述，用工单位在劳务派遣协议期满且劳动者正处于怀孕期时，应谨慎处理用工关系，确保劳动者的权益得到妥善保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。