结论前置：事业单位因评两个月假而扣除您半年绩效的做法，在一般情况下是不合理的，但具体是否合理还需结合您请假的原因、单位规章制度以及相关法律法规来综合判断。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、从请假原因的角度分析
病假或工伤假：
- 如果您请的是病假或工伤假，根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及《工伤保险条例》的相关规定，您在医疗期内或工伤治疗期间，单位应当支付您病假工资或工伤津贴，且不得因此降低您的工资待遇或绩效。因此，如果单位因您请病假或工伤假而扣除半年绩效，这种做法是不合理的。
事假：
- 如果您请的是事假，单位有权根据内部规章制度对您的请假进行扣薪处理。但扣除的绩效应当与您请假的时间相对应，且不得违反法律法规的强制性规定。如果单位扣除的绩效远超过您请假时间所应扣除的部分，那么这种做法可能是不合理的。
二、从单位规章制度的角度分析
- 单位规章制度是单位内部管理的重要依据，但必须符合法律法规的规定。如果单位的规章制度中明确规定了请假与绩效扣除的对应关系，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位按照规章制度执行是合理的。然而，如果规章制度中的规定与法律法规相悖，或者单位在执行规章制度时存在不公平、不合理的情形，那么这种做法可能是不合理的。
三、从法律法规的角度分析
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。如果单位未按照法定程序制定规章制度，或者规章制度中的内容违反法律法规的强制性规定，那么该规章制度对劳动者不具有约束力。
四、建议与行动
核查单位规章制度：
- 首先，建议您核查单位的规章制度，了解请假与绩效扣除的具体规定。如果规章制度中的规定与您的实际情况不符，或者存在不公平、不合理的情形，您可以向单位提出异议。
与单位协商：
- 如果您认为单位的做法不合理，可以尝试与单位进行协商，寻求合理的解决方案。在协商过程中，您可以提供相关法律法规作为依据，以维护自己的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，您需要提供相关证据材料，如请假条、工资单、单位规章制度等。
最后，如果您在处理此类问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。