公司只有两天年假，其合法性主要取决于职工的具体工作年限。以下是对此问题的详细分析：
对于累计工作不满1年的新员工：
- 根据《职工带薪年休假条例》，法律并未强制要求公司为累计工作不满1年的新员工提供带薪年假。因此，在这种情况下，公司规定两天年假，且该规定不违反其他法律法规时，一般视为合法。但需注意，即使法律未强制要求，公司若提供年假，也应确保其规定不违反其他劳动法规，如最低工资标准、加班费支付等。
对于累计工作已满1年不满10年的员工：
- 按照《职工带薪年休假条例》第三条的规定，此类员工应享有至少5天的带薪年假。如果公司统一规定只有两天年假，这明显减少了员工应得的年假天数，侵犯了员工的合法权益，因此是不合法的。员工有权向公司提出异议，并要求按照法律规定享受相应的年假待遇。
对于累计工作已满10年不满20年的员工：
- 法律规定的带薪年假为10天。若公司规定年假仅两天，这远低于法定标准，显然属于违法行为。员工应依法维护自己的权益，可以向公司提出申诉或向劳动监察部门举报。
对于累计工作已满20年的员工：
- 此类员工应享有的带薪年假为15天。公司若规定年假仅为两天，同样违反了法律规定，员工有权采取相应措施维护自身权益。
操作建议：
- 核查工作年限与合同：员工应确认自身累计工作年限是否满足法定年假条件，并检查劳动合同中是否明确约定年假天数及计算方式。
- 与公司沟通协商：发现年假权益受损时，可通过书面形式向人力资源部门提出异议，要求按法律规定补足年假天数。
- 寻求法律救济途径：若协商未果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律手段维护合法权益。
法律依据：
- 《职工带薪年休假条例》第三条：职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
综上所述，公司只有两天年假的合法性取决于职工的具体工作年限。员工应充分了解自己的权益，并在必要时采取相应措施维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。