在交通事故双方责任各50%的情况下，公司支付工资的方式需根据员工受伤性质（是否属于工伤）及公司规章制度综合判断，具体如下：

1. 若员工受伤被认定为工伤
   根据《工伤保险条例》第十四条，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。此时公司需按以下方式支付工资：

   • 停工留薪期工资：员工因工伤暂停工作接受治疗的期间（一般不超过12个月），公司需按原工资福利待遇按月支付，不得扣减。
     
   • 伤残津贴（若构成伤残）：若员工经劳动能力鉴定构成伤残等级，公司需根据伤残等级支付一次性伤残补助金或按月支付伤残津贴（具体标准按《工伤保险条例》第三十五至三十七条执行）。
     
   • 责任分担不影响工伤待遇：即使员工在交通事故中承担50%责任，公司仍需全额支付工伤待遇，交通事故赔偿与工伤赔偿可并行主张（但医疗费等实际支出部分不得重复获赔）。

2. 若员工受伤未被认定为工伤
   若员工受伤不符合工伤认定条件（如非上下班途中、或本人承担主要责任），公司支付工资需分情况处理：

   • 公司规章制度有明确规定：若公司规章制度或劳动合同中约定了“员工因自身原因受伤停工期间的工资支付标准”（如按病假工资支付），则按约定执行。
     
   • 无明确规定时：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工因非工伤医疗期内的工资支付标准为：
     
     • 医疗期内：公司需支付不低于当地最低工资标准80%的病假工资；
       
     • 医疗期满后：若员工仍无法工作，公司可依法解除劳动合同并支付经济补偿。
       
   • 责任比例的影响：交通事故中50%的责任比例本身不直接影响公司工资支付义务，但若员工因自身过错导致受伤（如违反交通规则），公司可能依据规章制度调整工资支付标准（需确保制度合法且已告知员工）。

建议行动：

• 公司应首先确认员工受伤是否符合工伤认定条件（需向当地社保部门申请工伤认定）；
  
• 若涉及工伤，按《工伤保险条例》全额支付停工留薪期工资及伤残待遇；
  
• 若非工伤，检查公司规章制度是否合法有效，并依法支付医疗期工资；
  
• 保留与员工沟通的书面记录（如工伤认定结果、病假申请单等），避免纠纷。
  

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