在上班途中遭遇交通事故且责任认定为双方各占50%的情况下，您既有权申请工伤认定并获得工伤保险赔偿，也有权向肇事方主张民事侵权赔偿。以下是对这一问题的详细解答：
一、工伤认定与赔偿
工伤认定条件
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，如果受到非本人主要责任的交通事故伤害，应当被认定为工伤。在此次事故中，由于责任认定为五五开，明确属于“非本人主要责任”的范畴，因此您符合工伤认定的条件。
工伤认定流程
- 申请时间：您的用人单位应在事故发生后的30日内，向社会保险行政部门提出工伤认定申请。如果用人单位未按时提出申请，您或您的近亲属可以在事故发生后的1年内，直接向社会保险行政部门提出申请。
- 所需材料：申请工伤认定时，需要准备工伤认定申请表、劳动关系证明材料（如劳动合同、工作证等）、医疗诊断证明（如病历、诊断书等）等相关材料。
- 认定结果：社会保险行政部门将在受理申请后的60日内，作出是否认定为工伤的决定，并出具工伤认定书。
工伤保险赔偿项目
- 医疗费用：符合工伤保险规定的医疗费用，将由工伤保险基金支付。
- 停工留薪期工资：在您因伤暂停工作期间，您的原工资待遇将保持不变，由用人单位按月支付。
- 伤残待遇：如果您因伤导致伤残，根据伤残等级，您将获得一次性伤残补助金、伤残津贴等。对于五级至十级伤残，您还可以选择解除劳动关系，并获得一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金。
二、民事侵权赔偿
赔偿原则
- 在您向工伤保险基金申请赔偿的同时，您也有权向肇事方主张民事侵权赔偿。对于部分赔偿项目，如医疗费，遵循“填平原则”，即不重复赔偿；但对于伤残补助金、停工留薪期工资（在民事赔偿中通常称为误工费）等项目，您可以同时获得工伤保险赔偿和民事侵权赔偿。
赔偿内容
- 民事赔偿包括但不限于医疗费用、误工费、护理费、残疾赔偿金等。在五五责任的情况下，法院将根据您的实际损失和对方的经济状况，判决对方承担一半的赔偿责任。
诉讼程序
- 如果您决定向肇事方主张民事侵权赔偿，您需要准备充分的证据，如交通事故责任认定书、医疗记录、费用发票等，并向对方驾驶员（或其保险公司）提起民事诉讼。在诉讼过程中，您可以寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分保护。
三、公司或雇主的额外补偿
- 部分公司或雇主可能为员工购买了额外的商业保险或提供其他福利，以覆盖员工在上班途中的意外。您可以咨询公司的HR部门或法律顾问，了解是否有此类保险或福利可供申请。
四、注意事项
- 保留证据：务必妥善保存所有与事故相关的证据和文件，如交通事故责任认定书、医疗记录、费用发票等。
- 及时咨询：尽快与律师联系，了解自己的权益和赔偿途径，以便在处理过程中做出明智的决策。
- 保持沟通：与公司、社保机构和律师保持密切沟通，确保您的权益得到妥善保障。
综上所述，在上班途中遭遇交通事故且责任为五五开时，您应首先申请工伤认定并获得工伤保险赔偿，同时也有权向肇事方主张民事侵权赔偿。在处理过程中，请务必保留好相关证据，及时咨询专业律师的意见，并与各方保持有效沟通，以确保您的合法权益得到充分保护。