针对您提出的“公司考核扣1000元算是罚款吗，以及是否合法”的问题，以下是我的详细解答：
一、公司考核扣1000元是否算作罚款
首先，我们需要明确“罚款”的法律含义。罚款通常指的是行政机关对违反行政法规的行为人所施加的金钱处罚。在公司环境中，如果公司直接以“罚款”名义扣除员工工资，且没有明确的法律依据或合同约定，这种行为在性质上更接近于非法克扣工资，而非合法的罚款。
二、公司考核扣1000元是否合法
法律依据分析：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得无故克扣劳动者工资。除非有法定的代扣代缴情形，或者因劳动者个人原因给用人单位造成经济损失，且赔偿可从工资中扣除（但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后不得低于当地月最低工资标准）。
- 《中华人民共和国行政处罚法》规定，罚款等行政处罚措施应由法律规定的行政机关实施。用人单位作为非行政执法机关，不具备直接对员工进行罚款的权力。
- 《中华人民共和国劳动合同法》也并未赋予企业直接罚款的权力。
合法性判断：
- 如果公司直接以“罚款”名义扣除员工1000元，且没有明确的法律依据或合同约定，这种行为通常是不合法的。
- 即使公司有内部规章制度，且该规章制度是通过民主程序制定并向员工公示或告知，但如果规章制度中的处罚措施（如罚款）不合理或违反法律规定，那么公司依据这样的规章制度进行罚款也是不合法的。
- 如果员工因工作过错导致公司遭受经济损失，公司可以要求员工进行赔偿，但赔偿金额和方式应依法确定，并确保不违反相关法律法规的限制。
三、建议与指导
对于公司：
- 公司应遵守相关法律法规，通过合法途径管理员工行为，如设立有效的绩效考核制度、全勤奖、纪律处分等，而非直接采取罚款措施。
- 如果公司需要制定内部规章制度来规范员工行为，应确保规章制度经过民主程序制定，并向员工公示或告知，内容合法、合理。
对于员工：
- 员工在面对公司不合理的罚款时，有权向相关部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
- 员工也应了解自己的权利和义务，遵守公司规章制度，避免因工作过错导致公司遭受经济损失。
综上所述，公司考核扣1000元在大多数情况下是不合法的，除非有明确的法律依据或合同约定，且罚款金额和方式符合相关法律法规的限制。公司应遵守法律法规，通过合法途径管理员工行为，员工也应了解自己的权利和义务，共同维护和谐的劳动关系。