在车主和肇事者不是同一人的情况下，对医药费进行申请赔付，起诉的对象主要取决于事故责任的具体认定以及各方的过错程度。以下是一些可能的情况及对应的起诉对象：
肇事者为主要责任方：
- 如果事故是由肇事者的过错导致的，且肇事者被认定为事故的主要或全部责任方，那么受害者（即医药费支付方）可以直接起诉肇事者，要求其承担医药费的赔偿责任。
- 在此情况下，车主可能不是直接的责任方，除非车主对事故的发生也存在过错（如车辆存在安全隐患、车主指使或纵容肇事者违章驾驶等）。
车主与肇事者共同承担责任：
- 如果车主对事故的发生也存在过错，如车辆未定期检修存在安全隐患、车主将车辆借给无驾驶资格的人驾驶等，那么车主和肇事者可能需要共同承担赔偿责任。
- 在此情况下，受害者可以起诉车主和肇事者，要求他们共同承担医药费的赔偿责任。法院会根据各方的过错程度，判决他们各自承担的比例。
涉及保险公司的情况：
- 如果肇事车辆购买了交强险或商业险，那么受害者还可以考虑将保险公司作为共同被告起诉。
- 保险公司会在其承保的范围内，根据保险合同的约定，对受害者的损失进行赔偿。这通常包括医药费、误工费、护理费等。
- 需要注意的是，如果肇事者存在酒驾、逃逸等违法行为，保险公司可能会拒绝赔偿或只赔偿部分损失。
法律建议：
- 在起诉前，建议受害者先收集好相关证据，如事故认定书、医疗记录、医药费发票等，以证明自己的损失和对方的过错。
- 如果对事故责任认定有异议，可以在收到事故认定书后的一定期限内（通常是3日）向上一级公安机关交通管理部门提出书面复核申请。
- 在起诉时，建议受害者咨询专业律师，以确定具体的起诉对象和赔偿金额，并了解诉讼流程和可能的风险。
可能面临的法律后果：
- 如果法院判决肇事者或车主承担赔偿责任，而他们拒不履行判决，受害者可以申请法院强制执行。
- 如果肇事者或车主存在逃避赔偿的行为，如转移财产、隐匿行踪等，法院可以采取相应的强制措施，如查封、扣押、冻结财产等，以保障受害者的合法权益。
总之，在车主和肇事者不是同一人的情况下，对医药费进行申请赔付需要起诉几方，取决于事故责任的具体认定以及各方的过错程度。建议受害者在起诉前咨询专业律师，以确定具体的诉讼策略和赔偿金额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。