结论前置：是否可以收取商铺在小区化粪池的费用，不能一概而论，需分情况讨论。
若商铺与小区共用化粪池且存在相关约定：
- 如果商铺与小区共用同一个化粪池设施，且在商铺购买或租赁时，相关合同、协议或物业管理规定中明确约定了商铺需要承担化粪池的使用、维护或清理等费用，那么物业公司依据这些约定向商铺收取费用是合理的。这种约定属于双方自愿达成的民事合同关系，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
若商铺与小区共用化粪池但无相关约定：
- 在没有明确约定的情况下，物业公司不能随意向商铺收取化粪池费用。因为化粪池作为小区的公共设施，其建设、维护和管理费用通常应由小区全体业主共同承担，除非能够证明商铺的使用对化粪池造成了额外的负担或损害，且这种负担或损害超出了正常使用的范围。
若商铺有独立的化粪池设施：
- 如果商铺拥有自己独立的化粪池设施，并不与小区共用，那么物业公司无权向商铺收取与小区化粪池相关的费用。因为商铺的化粪池设施属于其自有财产，其维护和管理费用应由商铺自行承担。
额外建议：
- 对于商铺业主或租户来说，如果物业公司提出收取化粪池费用，应首先查看相关合同、协议或物业管理规定，确认是否存在相关约定。
- 如果存在争议或不明确的地方，可以与物业公司进行协商，寻求合理的解决方案。
- 如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决争议，如向当地房地产管理部门投诉或提起民事诉讼等。
总结：物业公司是否可以收取商铺在小区化粪池的费用，取决于商铺与小区是否共用化粪池设施以及是否存在相关约定。在处理此类问题时，应依据相关法律法规和合同约定进行判断和处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。