关于自管自营小区如何收取商铺费用的问题，首先需明确的是，这类小区的物业管理通常不由专业的物业公司进行，而是由业主自行组织或选举产生的管理机构来负责。因此，在收取商铺费用时，需遵循相关法律法规及业主共同决定的原则。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国物权法》及《物业管理条例》等相关法律法规，业主对建筑物专有部分以外的共有部分，享有权利，承担义务；不得以放弃权利为由不履行义务。
   • 自管自营小区的管理机构在收取商铺费用时，应确保费用的合理性、透明性，并遵循相关法律法规的规定。

2. 费用收取原则：

   • 业主共同决定：商铺费用的收取标准、方式等应由业主共同决定，通常通过业主大会或业主委员会等组织形式进行表决。
   • 公平合理：费用的收取应公平合理，不得损害业主的合法权益，特别是商铺业主的合法权益。
   • 明码标价：管理机构应公开费用收取的明细，包括费用项目、收费标准、收费依据等，确保业主的知情权。

3. 费用收取方式：

   • 固定费用：可根据商铺的面积、位置等因素，设定固定的物业费用标准。
   • 按比例分摊：对于共有部分的维护、修缮等费用，可按照商铺业主专有部分面积占建筑物总面积的比例进行分摊。
   • 其他方式：根据业主共同决定，还可以采取其他合理的费用收取方式。

4. 注意事项：

   • 管理机构在收取费用时，应出具合法的收费凭证，并确保费用的专款专用。
   • 若业主对费用收取有异议，管理机构应耐心解释，并听取业主的意见和建议，必要时可进行调整。
   • 若因费用收取问题引发纠纷，管理机构应积极与业主协商解决，或寻求法律援助。

综上所述，自管自营小区在收取商铺费用时，应遵循法律法规、业主共同决定的原则，确保费用的合理性、透明性，并注重与业主的沟通和协商。若您在具体操作中遇到任何问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律建议。