工程结算是否允许超过合同金额以及允许超过的比例，并非有统一固定的标准，而是需根据具体情境、合同约定以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般原则
合同约定优先：
- 如果发承包双方在建设工程施工合同中有关于结算价款调整范围和幅度的明确约定，应严格按照合同约定执行。例如，合同可能约定工程价款允许在一定范围内（如±10%）调整，那么结算时超出合同价款在这一幅度内的，可以按约定正常结算；超出该幅度的，则需按照合同约定的特殊处理方式处理，如重新协商定价或启动特定的审批流程。
无约定时遵循法律法规：
- 当合同没有明确约定时，应遵循相关法律法规和计价规范。因设计变更、工程洽商、不可抗力等合法合规原因导致工程价款增加或减少的，应根据实际情况进行调整结算。这种情况下，工程结算价款可以超过合同金额，但需确保增加的部分是合理且合法的。
竣工结算的动态性：
- 工程竣工结算是一种动态的计算过程，它依据工程实际发生的量与额来进行计算。因此，只要双方协商一致且不违反法律法规，结算价款可以超过合同金额。
二、特定情境下的规定与限制
政府采购项目：
- 根据《政府采购法实施条例》，政府采购合同履行中，若追加与合同标的相同的货物、工程或服务的采购金额超过原合同采购金额的10%，将可能面临财政部门的责令改正、警告以及相关人员处分等后果。这意味着，在政府采购项目中，工程结算价款超过合同金额的比例可能受到严格限制。
政府投资项目：
- 某些地方政府或部门对政府投资项目的投资概算有具体规定。例如，吉林省的《吉林省政府投资管理办法》规定，初步设计提出的投资概算若超过经批准的可行性研究报告提出的投资估算10%，项目单位需向投资主管部门报告，并可能需要重新报送可行性研究报告。这同样表明，在政府投资项目中，工程结算价款超过合同金额的比例可能受到特定限制。
建设工程竣工结算备案：
- 在部分地区，如吉林省，若报送备案的竣工结算文件超过中标价±10%，发包人需说明原因并提供相应证明材料。这反映了地方对工程结算价款超过合同金额比例的监管要求。
三、法律建议与操作指南
仔细审查合同条款：
- 在签订建设工程施工合同时，应仔细审查合同中关于结算价款调整范围和幅度的约定，确保合同条款明确、具体，以避免后续纠纷。
保留相关证据材料：
- 在施工过程中，应妥善保留与设计变更、工程洽商、不可抗力等相关的证据材料，以便在结算时证明增加部分的合理性和合法性。
及时沟通协商：
- 当工程结算金额超出合同约定时，发承包双方应及时沟通协商，确定超出的原因是否合理且合法，并依据合同约定或相关法律法规进行处理。
寻求专业法律帮助：
- 如果双方无法就工程结算金额达成一致意见，或者对相关法律法规存在疑问，建议寻求专业律师的帮助，以确保工程结算的合法性、合规性和公正性。
综上所述，工程结算是否允许超过合同金额及允许超过的比例需综合考虑多种因素。在实际操作中，建议发承包双方严格遵守合同约定和相关法律法规，确保工程结算的顺利进行。如果您在工程结算方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。