结论：工程办理结算时，结算金额超过合同额是否可以办理结算，需根据具体情境、合同约定以及相关法律法规进行综合判断。一般情况下，只要发承包双方协商一致且不存在违法违规行为，工程结算价款可以超过合同金额；但在特定情境下，如政府采购项目、政府投资项目等，可能存在具体的比例限制和特殊规定。

详细分析：

1. 一般原则：

   • 有约定从约定：如果发承包双方在建设工程施工合同中有关于结算价款调整范围和幅度的明确约定，应严格按照合同约定执行。例如，合同约定工程价款允许在一定范围内（如±10%）调整，则结算时超出合同价款在这一幅度内的，按约定正常结算；超出该幅度的，需按照合同约定的特殊处理方式处理，如重新协商定价或启动特定的审批流程。
   • 无约定按规定：当合同没有明确约定时，应遵循相关法律法规和计价规范。因设计变更、工程洽商、不可抗力等合法合规原因导致工程价款增加或减少的，应根据实际情况进行调整结算。
   • 竣工结算的动态性：工程竣工结算是一种动态的计算过程，它依据工程实际发生的量与额来进行计算，只要双方协商一致且不违反法律法规，结算价款可以超过合同金额。

2. 特定情境下的规定与限制：

   • 政府采购项目：根据《政府采购法实施条例》，政府采购合同履行中，若追加与合同标的相同的货物、工程或服务的采购金额超过原合同采购金额的10%，将可能面临财政部门的责令改正、警告以及相关人员处分等后果。因此，在政府采购项目中，结算金额超过合同额的比例需严格控制。
   • 政府投资项目：某些地方政府或部门对政府投资项目的投资概算有具体规定。例如，吉林省的《吉林省政府投资管理办法》规定，初步设计提出的投资概算若超过经批准的可行性研究报告提出的投资估算10%，项目单位需向投资主管部门报告，并可能需要重新报送可行性研究报告。这意味着，在政府投资项目中，结算金额超过合同额也可能受到类似限制。
   • 建设工程竣工结算备案：在部分地区，若报送备案的竣工结算文件超过中标价±10%，发包人需说明原因并提供相应证明材料。这进一步体现了对结算金额超过合同额的监管要求。

3. 法律依据与处理方式：

   • 法律文件支持：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等相关法律文件规定，当事人对建设工程的计价标准或计价方法有约定的，应按照约定结算工程价款。若因设计变更导致工程量或质量标准发生变化且双方无法协商一致，可参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准进行结算。
   • 实际操作建议：当工程结算金额超出合同约定时，首先应结合实际施工情况进行分析，确定超出的原因是否合理且合法。若存在违法违规行为（如擅自扩大建设规模、提高建设标准、虚增工程量等），相关责任方可能会面临严肃处理。若超出部分合理且合法，应依据合同约定或相关法律法规进行处理，如通过协商、重新定价或启动特定审批流程等方式解决。

建议：在实际操作中，发承包双方应严格遵守合同约定和相关法律法规，确保工程结算的合法性、合规性和公正性。如果结算金额超过合同额，建议双方及时沟通协商，明确超出部分的原因和处理方式，并保留好相关证据材料以备不时之需。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。