结论：在合同中，“双方经协商达成如下协议”加上具体条款后，结尾部分能否用“该协议”来指代，这主要取决于合同的具体表述和上下文语境，但在大多数情况下，这样的表述是可行的，只要能够确保“该协议”的指代明确无误。

分析说明：

1. 合同表述的明确性：

   • 在合同中，“双方经协商达成如下协议”是一个常见的开头表述，用于引出后续的具体条款。
   • 紧接着列出具体条款后，如果结尾部分想要用“该协议”来指代前面所达成的所有内容，那么需要确保这种指代在上下文中是明确无误的。
   • 通常，合同中会有明确的条款说明“本协议”或“该协议”所涵盖的范围，以避免歧义。

2. 上下文语境的重要性：

   • 合同的上下文语境对于理解“该协议”的指代至关重要。
   • 如果合同中的条款之间逻辑清晰，且“该协议”的指代在上下文中能够自然得出，那么这样的表述就是合理的。
   • 反之，如果合同条款之间存在模糊或歧义，或者“该协议”的指代不够明确，那么就可能引发争议。

3. 法律实践中的常见做法：

   • 在法律实践中，合同双方通常会倾向于使用明确、无歧义的表述来避免潜在的纠纷。
   • 因此，在起草合同时，律师或法律顾问会仔细审查合同的每一个条款，确保“本协议”或“该协议”的指代明确无误。
   • 如果合同篇幅较长或条款复杂，有时还会在合同开头或结尾部分设置专门的定义条款，对“本协议”或“该协议”等关键术语进行明确界定。

法律建议：

• 在起草或审查合同时，建议仔细审查合同的每一个条款，确保“该协议”的指代明确无误。
• 如果合同篇幅较长或条款复杂，可以考虑在合同开头或结尾部分设置定义条款，对关键术语进行明确界定。
• 如果对合同的表述或指代存在疑问，建议及时咨询专业律师，以避免潜在的纠纷。

举例说明：

假设有一个简单的买卖合同，开头表述为“双方经协商达成如下协议”，接着列出了具体的买卖条款（如商品名称、数量、价格、交付方式等），最后结尾部分想要用“该协议”来指代前面所达成的所有内容。在这种情况下，只要合同中的条款之间逻辑清晰，且“该协议”的指代在上下文中能够自然得出（例如，在结尾部分明确说明“本买卖合同（即该协议）自双方签字盖章之日起生效”），那么这样的表述就是合理的。