双方在协议中约定“双方均不得以其他理由提出异议”的条款，并不直接等同于霸王条款，也不一定构成恶意串通，但需根据具体情况判断其合法性和有效性。以下是对这一问题的详细分析：
一、关于霸王条款的认定
霸王条款的定义：霸王条款，通常指的是一方当事人利用其优势地位，在合同中设置的不公平、不合理，且对方难以拒绝接受的条款。这些条款往往违反了公平、等价有偿的原则，损害了对方的合法权益。
条款的合法性判断：在协议中约定“双方均不得以其他理由提出异议”，这一条款本身并不直接具有霸王条款的特征。它更像是一个双方协商一致后，对合同履行过程中可能出现的异议进行限制的约定。然而，如果这一条款被用于掩盖不公平的交易条件，或者剥夺了对方依法享有的权利，那么它可能被视为霸王条款。例如，如果一方利用其优势地位，迫使对方接受这一条款，且该条款明显对一方不利，那么该条款可能因违反公平原则而被认定为无效。
二、关于恶意串通的认定
恶意串通的定义：恶意串通，指的是双方当事人为了谋取不正当利益，而相互勾结、共同实施损害国家、集体或第三人利益的行为。在合同领域，恶意串通通常表现为双方当事人通过签订合同，以合法形式掩盖非法目的，或者损害国家、集体或第三人的利益。
条款与恶意串通的关系：仅仅在协议中约定“双方均不得以其他理由提出异议”，并不足以构成恶意串通。恶意串通需要双方有共同的不正当目的，并通过合同行为来实现这一目的。如果双方签订这一条款的目的是为了确保合同的顺利履行，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么该条款与恶意串通无关。
三、条款的合法性和有效性分析
合法性：根据《民法典》的相关规定，合同的内容应当由当事人约定，且不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。因此，只要“双方均不得以其他理由提出异议”的条款不违反这些规定，且是双方真实意思的表示，那么该条款就是合法的。
有效性：条款的有效性取决于其是否被双方真实、自愿地接受，以及是否违反了法律的强制性规定。如果双方在签订合同时，对这一条款有充分的理解，且没有受到任何欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么该条款就是有效的。然而，如果一方在签订合同时存在重大误解，或者该条款违反了法律的强制性规定，那么该条款可能被撤销或宣告无效。
四、建议
在签订合同时：双方应充分理解合同条款的含义和后果，确保条款的合法性和有效性。如果对某一条款存在疑问或不确定，应及时咨询专业律师的意见。
在合同履行过程中：如果双方因合同条款产生争议，应首先通过协商、调解等方式解决。如果无法达成一致意见，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。
如果您在合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。