结论前置：大学毕业签了三方协议毁约后交签约单位1万元违约金，在大多数情况下是合法的，但具体合法性需根据协议内容、双方权利义务的均衡性以及违约金的合理性等因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

一、三方协议的法律性质

三方协议，即《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是明确毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的书面表现形式。从法律性质上讲，它属于民事合同范畴，受《民法典》等民事法律法规的调整。根据《民法典》的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担违约责任，同时允许当事人在合同中约定违约金。

二、违约金约定的合法性分析

1. 合法有效的违约金约定：

   • 如果三方协议中明确约定了双方的权利义务、违约情形及违约金数额，且该约定是双方真实意思表示，无欺诈、胁迫等情形，且不违反法律法规强制性规定，那么此违约金约定是合法有效的。在这种情况下，毕业生如果毁约，按照协议约定支付违约金是合法的。

2. 可能被认定无效或需调整的违约金约定：

   • 违约金数额过高：如果违约金数额明显过高，远超用人单位可能遭受的实际损失，毕业生有权请求法院或仲裁机构适当减少。例如，如果用人单位的实际损失仅为几千元，但协议中约定的违约金却高达数万元，那么这样的违约金约定可能被认为过高。
   • 显失公平：如果违约金条款存在显失公平的情况，如用人单位利用毕业生缺乏经验或急于就业的心理设置高额违约金，毕业生可通过法律途径主张条款无效或调整。
   • 学校参与收取违约金：学校作为提供就业服务的第三方，通常不应参与违约金的收取。如果协议中约定学校也参与收取违约金，那么该条款可能因违法而无效。

三、具体案例分析

在你提到的情况中，如果三方协议中明确约定了毕业生毁约需支付1万元违约金，且该约定符合上述合法有效的条件，那么毕业生毁约后支付1万元违约金是合法的。然而，如果违约金数额过高或存在显失公平的情况，毕业生有权请求减少违约金数额或主张条款无效。

四、建议与应对措施

1. 仔细审查协议内容：毕业生在签订三方协议前，应仔细审查协议内容，特别是关于违约金的部分，确保自身权益不受损害。
2. 协商解决：如果毕业生毁约后遇到违约金纠纷，应先尝试与用人单位协商解决。通过友好沟通，双方可能能够达成一个合理的解决方案。
3. 法律途径：如果协商不成，毕业生可以寻求法律援助或通过法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼。

总结来说，大学毕业签了三方协议毁约后交签约单位1万元违约金是否合法，需根据协议内容、双方权利义务的均衡性以及违约金的合理性等因素综合判断。毕业生在签订协议前应仔细审查协议内容，并在遇到纠纷时积极寻求解决方案。如果你有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。