结论：当员工不接受协商赔偿并选择继续上班时，企业应尊重员工的选择，并确保工作环境的安全与合规，同时可继续与员工沟通协商，或考虑通过法律途径解决争议。
分析说明：
尊重员工选择，确保工作环境安全：
- 员工选择继续上班是其合法权利，企业应予以尊重，不得因此采取任何不利措施，如降薪、调岗或解雇等。
- 企业应确保工作环境的安全与合规，避免因工作环境问题引发新的争议或事故。
继续沟通协商：
- 企业可继续与员工就赔偿问题进行沟通协商，尝试达成双方都能接受的赔偿方案。
- 协商过程中，企业应保持耐心和诚意，积极倾听员工的诉求，并寻求合理的解决方案。
考虑法律途径：
- 如果双方无法就赔偿问题达成一致，企业可考虑通过法律途径解决争议。
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的相关规定，企业可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求裁决赔偿金额或确认双方的权利义务。
- 在申请仲裁前，企业应收集并整理好相关证据，如事故报告、医疗记录、工资单等，以支持其主张。
注意法律程序与期限：
- 企业在申请仲裁时，应注意法律程序与期限的要求，确保在法定期限内提出申请。
- 同时，企业应积极配合仲裁委员会的调查和调解工作，以促进争议的妥善解决。
后续行动建议：
- 加强内部管理：企业应加强内部管理，完善安全制度，预防类似事故的再次发生。
- 提供必要支持：对于受伤员工，企业应提供必要的医疗和康复支持，体现人文关怀。
- 持续关注员工动态：企业应持续关注员工的动态和诉求，及时调整策略，以维护企业的稳定和和谐。
法律后果提示：
- 如果企业采取不当措施对待继续上班的员工，如降薪、调岗或解雇等，可能面临法律责任，包括支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 如果企业未能在法定期限内申请仲裁或未积极配合仲裁委员会的工作，可能影响其权益的维护。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。