结论：事业单位超过试用期3个月时间才宣布不合格，是否违规需分情况讨论，主要取决于试用期的约定是否合法以及宣布不合格的程序是否符合规定。
一、试用期约定的合法性
试用期长度需符合法律规定：
- 根据《劳动合同法》第十九条，劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
- 如果事业单位与劳动者约定的试用期超过了上述法定长度，那么该试用期约定本身就是违法的，无论何时宣布不合格，都可能因试用期约定不合法而面临法律风险。
试用期需明确约定在劳动合同中：
- 试用期应当包含在劳动合同期限内，且劳动合同仅约定试用期的，试用期不成立，该期限为劳动合同期限。
- 如果事业单位未在劳动合同中明确约定试用期，或者试用期约定不明确，那么事业单位在事后以试用期不合格为由宣布解除劳动合同，可能缺乏法律依据。
二、宣布不合格的程序合规性
需有明确的考核标准和程序：
- 事业单位在试用期内对劳动者进行考核，应当有明确的考核标准和程序，且这些标准和程序应当事先告知劳动者。
- 如果事业单位在宣布劳动者不合格时，未能提供充分的证据证明劳动者不符合录用条件，或者考核标准和程序存在瑕疵，那么该宣布可能因程序不合规而被认定为违法。
需在试用期内完成考核并宣布结果：
- 试用期是用人单位对劳动者是否符合录用条件进行考核的期限，用人单位应当在试用期内完成考核并宣布结果。
- 如果事业单位超过试用期3个月才宣布劳动者不合格，且未能提供合理理由说明为何延迟宣布，那么该宣布可能因超过试用期期限而被认定为违法。不过，若双方约定的试用期本身就超过了法定长度，且事业单位在法定的试用期期限内已经完成了考核但未及时宣布，而在超出法定试用期后的合理时间内（如因内部流程等原因稍有延迟）宣布，且能提供充分证据证明劳动者不符合录用条件，此时可能不直接认定为违规，但会因试用期约定不合法而面临其他法律风险。
三、特殊情况下的考量
劳动者存在严重违纪或违法行为：
- 如果劳动者在试用期内存在严重违纪或违法行为，事业单位可以依据相关法律法规和劳动合同约定，随时解除劳动合同，无需受到试用期期限的限制。但这种情况下，事业单位需要提供充分的证据证明劳动者的违纪或违法行为。
双方协商一致延长试用期：
- 在某些情况下，双方可能协商一致延长试用期。但这种延长必须符合法律法规的规定，且不得超过法定最长试用期期限。如果延长试用期未经双方协商一致或超过了法定期限，那么延长部分无效，事业单位在延长后的期限内宣布劳动者不合格可能仍面临法律风险。
建议：对于事业单位而言，应当严格遵守法律法规关于试用期的规定，明确约定试用期长度和考核标准程序，并在试用期内及时完成考核并宣布结果。对于劳动者而言，如果认为事业单位的宣布不合格行为存在违法情形，可以依法向劳动争议调解仲裁机构申请调解仲裁或向人民法院提起诉讼以维护自身权益。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。