针对您提出的“过了三个月了说试用期不合格合法吗”这一问题，我们需要从劳动合同法的相关规定以及实际操作中的合法性角度进行详细分析。

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定，劳动合同期限与试用期的长度有明确的对应关系：

• 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
• 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
• 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。

同时，该法条还明确指出，同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期。这意味着，一旦试用期结束，用人单位就不能再次以试用期不合格为由对劳动者进行评估或处理。

接下来，我们分析您提到的“过了三个月了说试用期不合格”的情况。如果劳动合同中约定的试用期本身就超过了法定最长期限（例如，合同期限为一年，但试用期约定为三个月），那么这种约定本身就是违法的。在这种情况下，用人单位在试用期结束后以试用期不合格为由进行处理，显然是不合法的。

另外，即使劳动合同中约定的试用期没有超过法定最长期限，但如果试用期已经结束，用人单位再以试用期不合格为由进行处理，也是不合法的。因为试用期一旦结束，劳动者就应当被视为正式员工，享受正式员工的待遇和权益。

此外，如果用人单位在试用期结束后试图通过延长试用期的方式来继续评估劳动者，这种做法同样是不合法的。因为根据法律规定，同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期，延长试用期就相当于再次约定了试用期，这违反了法律的规定。

综上所述，过了三个月了说试用期不合格是不合法的。如果用人单位在试用期结束后以试用期不合格为由进行处理，或者试图通过延长试用期的方式来继续评估劳动者，劳动者都有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

因此，建议您在遇到类似情况时，及时咨询专业律师或劳动仲裁机构，了解自己的权益和维权途径。