试用期超过三个月是否合法，主要取决于劳动合同的具体期限。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
根据《中华人民共和国劳动合同法》第十九条的规定：
- 劳动合同期限三个月以上不满一年的，试用期不得超过一个月；
- 劳动合同期限一年以上不满三年的，试用期不得超过二个月；
- 三年以上固定期限和无固定期限的劳动合同，试用期不得超过六个月。
二、合法性分析
合法情形：
- 当劳动合同期限为三年以上固定期限或无固定期限时，约定三个月的试用期是符合法律规定的，因为此时试用期的上限是六个月，三个月在此范围内。
不合法情形：
- 若劳动合同期限不满三年（如一年或两年），却约定了三个月的试用期，这违反了法律规定。在此情况下，劳动者有权要求用人单位调整试用期至法定范围内，或者向劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。
三、特殊注意事项
同一用人单位与同一劳动者只能约定一次试用期：
- 无论劳动合同期限多长，同一用人单位与同一劳动者都只能约定一次试用期。如果用人单位试图以各种理由再次与劳动者约定试用期，即使期限在规定范围内，也是不合法的。
特殊劳动合同类型不得约定试用期：
- 以完成一定工作任务为期限的劳动合同或劳动合同期限不满三个月的，不得约定试用期。这是法律对特定类型劳动合同的特殊规定，用人单位必须遵守。
试用期包含在劳动合同期限内：
- 试用期不是独立于劳动合同期限之外的，而是包含在劳动合同期限内。如果劳动合同仅约定了试用期，那么该试用期不成立，该期限应视为劳动合同期限。
四、劳动者权益保护建议
当试用期约定不合法时，劳动者的权益可能受到侵害，如面临不合理的工资待遇、工作条件等。在此情况下，劳动者可以采取以下措施维护自己的合法权益：
- 与用人单位协商：首先尝试与用人单位协商调整试用期至法定范围内，或者就其他相关权益进行协商。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为，要求劳动监察部门进行调查处理。
- 申请劳动仲裁：如果劳动者的权益受到严重侵害，且无法通过协商或投诉解决，劳动者可以申请劳动仲裁来寻求法律救济和赔偿。
综上所述，试用期超过三个月是否合法，主要取决于劳动合同的具体期限。劳动者在签订劳动合同时应仔细审查相关条款，确保自己的权益得到充分保障。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。