补偿工资通常不算作往期考勤扣款，但具体是否包含需根据补偿工资的性质、发放原因以及劳动合同或公司规章制度的约定来确定。以下从不同角度为你详细分析：
一、补偿工资的性质与发放原因
经济补偿金：在劳动合同解除或终止时，用人单位可能需要向劳动者支付经济补偿金。这种补偿是基于劳动者在用人单位的工作年限、工资水平等因素计算的，与往期的考勤扣款无直接关联。经济补偿金的目的是对劳动者因劳动合同解除或终止而可能遭受的损失进行补偿，因此不应包含往期的考勤扣款。
赔偿金：如果用人单位因违法解除或终止劳动合同而需要向劳动者支付赔偿金，这种赔偿金同样与往期的考勤扣款无关。赔偿金是对用人单位违法行为的惩罚，也是对劳动者损失的补偿，其计算方式通常与经济补偿金不同，但同样不应包含往期的考勤扣款。
其他补偿性工资：如加班费、年终奖等，这些工资的发放通常基于劳动者的工作表现、工作时间或公司政策等因素，与往期的考勤扣款也没有直接关系。
二、劳动合同或公司规章制度的约定
劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了补偿工资的计算方式、发放条件等，且未提及包含往期考勤扣款，那么用人单位在发放补偿工资时就不应扣除往期的考勤款项。
公司规章制度：公司规章制度是用人单位制定的内部管理规范，如果规章制度中规定了补偿工资的发放与考勤扣款的关系，且该规章制度经过民主程序制定并公示，对劳动者具有约束力。但即便如此，如果规章制度中的规定违反了法律法规的强制性规定，如无故克扣劳动者工资等，那么这些规定也是无效的。
三、实际操作中的注意事项
核对工资条：劳动者在收到补偿工资时，应仔细核对工资条，确认补偿工资的金额是否与劳动合同或公司规章制度中的约定相符，以及是否包含了不应扣除的往期考勤款项。
与用人单位沟通：如果劳动者对补偿工资的金额有疑问或发现存在不应扣除的款项，应及时与用人单位沟通，要求用人单位给予合理解释或更正。
寻求法律援助：如果用人单位拒绝更正或劳动者与用人单位无法就补偿工资的金额达成一致，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结与建议：补偿工资通常不算作往期考勤扣款，但具体是否包含需根据补偿工资的性质、发放原因以及劳动合同或公司规章制度的约定来确定。劳动者在收到补偿工资时，应仔细核对工资条，并与用人单位沟通确认。如有疑问或发现不当扣除，可及时寻求法律援助。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。