施工合同中明确甲方只承担材料税金13%中的7%是合法的，但前提是这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗。

分析说明：

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国合同法》（虽已废止，但其原则在新颁布的《民法典》中依然适用）的规定，当事人有订立合同的自由，包括选择合同相对人、决定合同内容和形式的自由。因此，甲乙双方在施工合同中关于税金承担的约定，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，即为有效。

2. 税金承担的具体约定：

   • 在施工合同中，甲乙双方可以就税金的承担进行具体约定。本例中，合同约定甲方只承担材料税金13%中的7%，这是双方对税金承担比例的明确约定，体现了合同双方的自由意志。

3. 合法性判断：

   • 要判断这一约定的合法性，主要需考察其是否违反了法律、行政法规的强制性规定，以及是否违背了公序良俗。如果这一约定没有违反上述规定和原则，那么它就是合法的。

4. 可能的风险与注意事项：

   • 尽管这一约定在法律上是合法的，但在实际操作中可能会引发一些风险或争议。例如，如果未来税收政策发生变化，导致税金比例调整，双方可能会就新的税金承担比例产生分歧。因此，建议在合同中明确约定税金承担比例的调整机制，以应对未来可能出现的变化。

结论补充：

综上所述，施工合同中明确甲方只承担材料税金13%中的7%是合法的，但双方应充分考虑未来可能出现的风险和变化，并在合同中作出相应约定，以确保合同的顺利履行。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。