实习三方协议学校盖的章有些模糊，该协议仍然具有法律效力。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律效力基础不受盖章模糊影响
主体适格性：三方协议涉及毕业生（实习生）、用人单位和学校三方主体。只要这些主体均具备相应的民事权利能力和行为能力，且用人单位具有合法经营资格，学校作为教育机构具备参与签订协议的资格，那么协议的主体就是适格的。盖章模糊并不影响主体的适格性。
意思表示的真实性：三方协议是在平等自愿的基础上，经过充分沟通与协商后达成的共识。只要各方在签署时均真实表达了自己的意愿，不存在欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的情形，那么协议的意思表示就是真实的。盖章模糊并不改变各方真实的意思表示。
内容的合法性：协议内容涵盖毕业生的基本信息、用人单位信息、工作岗位、薪资待遇、福利待遇及违约责任等关键条款。只要这些条款不违反法律法规的强制性规定，且不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，即视为合法有效。盖章模糊并不影响协议内容的合法性。
形式的合规性：虽然盖章模糊可能在一定程度上影响了协议的外观形式，但只要协议本身采用了书面形式，并由三方签字或盖章（即使盖章有些模糊）确认，且这种形式能够明确各方的权利和义务，便于在发生纠纷时作为证据使用，那么协议的形式就是合规的。
二、盖章模糊可能带来的问题及建议
证据效力问题：在发生纠纷时，如果协议上的盖章模糊不清，可能会影响其作为证据的证明力。为了降低这种风险，建议各方在签署协议时尽量确保盖章清晰可辨。如果已经签署且盖章模糊，可以考虑通过其他方式（如书面确认、电子邮件等）来补充证明协议的真实性和有效性。
协议履行问题：盖章模糊并不影响协议的履行。各方仍应按照协议约定的内容履行各自的义务。如果因盖章模糊导致一方对协议内容产生误解或争议，应及时与对方沟通协商，寻求解决方案。
三、特殊情况下的处理
如果盖章模糊到无法辨认学校公章的真伪，或者存在其他可能导致协议无效的情形（如一方欺诈、胁迫等），那么该协议可能面临被认定为无效的风险。在这种情况下，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律后果和应对措施。
总结来说，实习三方协议学校盖的章有些模糊，并不影响该协议的法律效力。但为了降低潜在的风险和纠纷，建议各方在签署协议时尽量确保盖章清晰可辨。如果已经签署且盖章模糊，应及时采取措施补充证明协议的真实性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。