关于您提出的元旦三天都上班，1月2号和3号如何计算加班工资（综合工时制）的问题，以下是根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定给出的详细解答：
一、元旦假期加班性质明确
元旦通常放假3天，其中1月1日为法定休假日，而1月2号和3号则属于通过调休得来的休息日。在综合工时制下，这两种不同性质的假期，其加班工资的计算标准是不同的。
二、加班工资计算标准
法定休假日（1月1日）：
- 在综合工时制下，若劳动者在法定休假日（1月1日）工作，用人单位应支付不低于工资的300%作为加班费。
- 计算公式：法定休假日加班费 = 月工资基数 ÷ 21.75天 × 300% × 加班天数（此处加班天数为1天，即1月1日）。
休息日（1月2号和3号）：
- 在综合工时制下，若劳动者在休息日（1月2号和3号）工作，且用人单位不能安排补休，则应支付不低于工资的200%作为加班费。
- 计算公式：休息日加班费 = 月工资基数 ÷ 21.75天 × 200% × 加班天数（此处加班天数为2天，即1月2号和3号）。
三、月工资基数的确定
- 月工资基数是指劳动者在正常出勤情况下获得的月工资收入，不包括加班工资、奖金、津贴等项目。
- 如果劳动合同中有明确约定月工资基数，则按约定执行；若没有约定，则按照正常出勤月工资的70%确定，但不得低于当地最低工资标准。
四、具体计算示例
假设您的月工资基数为5000元，那么：
- 1月1日法定休假日加班费：5000 ÷ 21.75 × 300% × 1 ≈ 689.66元
- 1月2号和3号休息日加班费：5000 ÷ 21.75 × 200% × 2 ≈ 919.54元
- 三天加班费总计：689.66 + 919.54 = 1609.20元
五、注意事项
- 综合工时制的特点：综合工时制是指用人单位因生产特点不能实行标准工时制，而采用以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的一种工时制度。在综合工时制下，劳动者的平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 地方性法规：实际计算时还需考虑具体的劳动合同、公司规章制度以及地方性的劳动法规等因素，因为不同地区可能对加班工资的计算有细微的差别。
- 维权途径：如果用人单位未按照规定支付加班工资，您可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式维护自己的合法权益。
综上所述，元旦三天都上班的情况下，1月2号和3号的加班工资应按照休息日的标准计算，即不低于工资的200%。希望以上解答能帮助您清晰了解加班工资的计算方法。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时咨询当地劳动法律专业人士。