地下车库有车位但停地上收费是否合法，需根据具体情况判断，主要取决于地上停车位的产权归属、收费是否符合相关法律法规及合同约定。以下是对此问题的详细分析：
一、地上停车位产权归属与收费合法性
产权归属：
- 根据《中华人民共和国民法典》第二百七十五条，建筑区划内，规划用于停放汽车的车位、车库的归属，由当事人通过出售、附赠或者出租等方式约定。这意味着，如果地上停车位是开发商所有且未出售给业主，或者虽然已随房屋出售但保留了使用权，那么开发商或物业公司有权决定是否收费及收费标准。
- 占用业主共有的道路或者其他场地用于停放汽车的车位，属于业主共有。对于这类车位，虽然产权归全体业主所有，但可以通过业主大会或业主委员会的决定，委托物业公司进行管理并收取必要的维护和管理费用。
收费合法性：
- 如果地上停车位的产权或使用权明确归属于开发商或物业公司，且他们有权决定收费，那么收费行为在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。
- 如果地上停车位属于业主共有，且未经业主大会或业主委员会同意，物业公司擅自收费，则可能构成违法。
二、收费标准与程序合法性
收费标准：
- 收费应基于合理的成本考虑和服务水平，不能过高或过低。过高的收费可能构成不当得利，而过低的收费则可能无法覆盖管理和维护成本。
- 收费标准通常需要在物业服务合同中明确约定，并向业主公示。如果物业公司未经业主同意擅自提高收费标准或增设收费项目，则可能构成违法。
程序合法性：
- 收费前应进行充分的沟通和协商，确保业主的知情权和参与权。对于重大收费调整，可能需要召开业主大会进行讨论和表决。
- 收费行为应符合相关法律法规的规定，不得存在欺诈、胁迫等违法行为。
三、特殊情况下的收费问题
人防车位：
- 人防车位作为国防资产的组成部分，其所有权归国家所有。开发商无权出售人防车位，但可以通过租赁方式将车位提供给业主使用并收取租金。然而，人防车位的租赁和使用需遵守相关法律法规和人防部门的规定。如果物业公司对人防车位进行收费，需确保符合相关规定。
违规收费：
- 如果物业公司未经业主同意擅自提高收费标准、增设收费项目，或者利用小区公共区域设置停车位并私自收费等行为均属违法。业主有权向相关部门投诉并要求退还多收的费用。
四、法律建议
核实产权归属：
- 业主应首先核实地上停车位的产权归属，了解开发商或物业公司是否有权收费。
审查合同与公示：
- 业主应审查物业服务合同中关于停车收费的条款，并关注物业公司是否对收费标准进行了公示。
参与业主大会：
- 对于涉及业主共有的停车位收费问题，业主应积极参与业主大会，表达自己的意见和诉求。
投诉与维权：
- 如果业主认为物业公司的收费行为违法或不合理，可以向相关部门投诉并要求处理。必要时，业主还可以通过法律途径维护自己的合法权益。
总结来说，地下车库有车位但停地上收费是否合法，需根据地上停车位的产权归属、收费是否符合相关法律法规及合同约定来判断。业主在面对此类问题时，应核实产权归属、审查合同与公示、参与业主大会，并在必要时投诉与维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。