在违纪案件调查阶段，如果涉案人员死亡，一般情况下不会再对该违纪案件进行立案处理，但会视情况作出相应处理。以下从不同角度进行分析：
一、违纪案件立案的基本原则与涉案人员死亡的影响
违纪案件的立案，通常基于对违纪行为的初步调查和证据收集，以确定是否存在违纪事实以及是否需要追究纪律责任。这一过程的核心在于对涉案人员的行为进行审查和判断。然而，当涉案人员在调查阶段死亡时，这一核心要素发生了根本性变化。因为纪律处分（如警告、记过、降级、撤职、开除等）是针对在职人员的一种行政制裁措施，其目的在于维护组织纪律和秩序，对已经死亡的人员进行纪律处分已无实际意义。
二、涉案人员死亡后的处理方式
终止调查程序：
- 在违纪案件调查阶段，如果涉案人员死亡，调查程序通常会因此终止。因为调查的目的在于查明事实、收集证据，以确定是否构成违纪以及应给予何种处分。而涉案人员的死亡使得这一目的无法实现，继续调查已无必要。
档案封存与后续处理：
- 虽然调查程序终止，但相关调查材料和证据仍需妥善保管，以备后续需要。这些材料可能包括涉案人员的陈述、证人证言、物证、书证等。
- 如果涉案人员的违纪行为涉及违法犯罪，且相关证据已经收集齐全，那么这些材料可能会被移送至司法机关，以追究相关人员的法律责任（尽管涉案人员已死亡，但其他相关人员可能仍需承担法律责任）。
特殊情况下的处理：
- 在某些特殊情况下，如涉案人员死亡后发现其违纪行为涉及重大经济损失或社会影响恶劣，组织可能会根据内部规定或相关法律法规，对涉案人员的遗产或相关责任人进行进一步处理。但这种情况下的处理已不属于违纪案件的立案范畴，而是可能涉及民事赔偿、行政处罚或刑事责任追究等。
三、法律依据与参考
- 虽然具体的违纪案件处理规定可能因组织性质、行业特点等因素而有所不同，但一般而言，涉案人员在调查阶段死亡后，组织会依据内部规章制度或相关法律法规，作出终止调查、档案封存等处理决定。
- 在某些情况下，如涉案人员涉嫌违法犯罪，组织可能会将相关材料移送至司法机关，由司法机关依法处理。这一过程中，司法机关会依据《刑事诉讼法》等相关法律法规，对案件进行审查起诉、审判等程序。
总结与建议：
在违纪案件调查阶段，如果涉案人员死亡，一般情况下不会再对该违纪案件进行立案处理。但组织会视情况作出终止调查、档案封存等处理决定，并可能将相关材料移送至司法机关以追究其他相关人员的法律责任。如果您或您身边的人遇到类似情况，建议及时咨询专业律师或相关组织，以了解具体处理方式和法律后果。有问题可以直接向我咨询，我会结合具体情况为您提供更详细的法律建议。