结论：建设工程擅自使用后，约定“先验收后结算”的条款是否有效，需结合具体情况分析，但该条款本身并不因擅自使用行为而当然无效，其效力主要取决于条款内容是否违反法律强制性规定、是否双方真实意思表示等因素。以下从不同角度详细分析：
一、条款效力的一般原则
在合同法领域，合同条款的效力主要取决于其是否违反法律、行政法规的强制性规定，以及是否双方真实意思表示。对于建设工程合同中“先验收后结算”的约定，这通常是双方为了明确工程款项支付条件、保障工程质量而设定的合理条款，本身并不违反法律强制性规定，因此，在双方意思表示真实、条款内容合法的前提下，该条款是有效的。
二、擅自使用对条款效力的影响
擅自使用不直接导致条款无效：
- 擅自使用建设工程，可能构成对发包人或建设单位权益的侵害，但这并不直接导致“先验收后结算”条款的无效。条款的效力应独立于擅自使用行为进行评判。
擅自使用可能影响结算条件成就：
- 如果合同中明确约定了验收作为结算的前提条件，且擅自使用行为导致验收无法进行或验收结果不真实，那么发包人或建设单位可能以此为由拒绝结算或要求重新验收。但这并不改变条款本身的效力，而是影响结算条件的成就。
擅自使用可能引发其他法律责任：
- 擅自使用建设工程还可能引发其他法律责任，如侵权责任、违约责任等。这些责任与“先验收后结算”条款的效力无直接关联，但可能影响双方的整体法律关系和权益分配。
三、特殊情况下的条款效力
条款显失公平或存在欺诈、胁迫：
- 如果“先验收后结算”条款在订立时显失公平，或存在欺诈、胁迫等情形，导致一方利益严重受损，那么受损方有权请求人民法院或仲裁机构变更或撤销该条款。
条款与法律强制性规定相冲突：
- 如果条款内容违反法律、行政法规的强制性规定，如规定必须先结算后验收等与现行法律相悖的内容，那么该条款将因违法而无效。
四、法律建议
审查合同条款：
- 在签订建设工程合同时，双方应仔细审查合同条款，确保“先验收后结算”等关键条款内容合法、明确、无歧义。
遵守合同约定：
- 双方应严格遵守合同约定，按照约定的程序和条件进行验收和结算。避免擅自使用建设工程等违约行为，以免引发不必要的法律纠纷。
及时沟通协商：
- 在合同履行过程中，如遇问题或争议，双方应及时沟通协商，寻求妥善解决方案。避免问题扩大化，影响双方合作关系和工程进度。
寻求法律帮助：
- 如双方无法自行解决争议，可寻求专业律师的法律帮助。律师将根据具体情况提供法律意见和解决方案，维护双方合法权益。
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