立案两年才处罚是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、行政处罚的时效规定
根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。前款规定的期限，从违法行为发生之日起计算；违法行为有连续或者继续状态的，从行为终了之日起计算。”
一般情况：如果违法行为在二年内未被发现，行政机关原则上不得再给予行政处罚。这里的“发现”通常指的是行政机关立案或掌握违法行为线索的时间。因此，如果立案时间已经超过二年，且没有特殊情况（如涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果），则行政机关不得再处罚。
特殊情况：对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，时效期限延长至五年。这意味着，如果立案时间在五年内，且符合这些特殊条件，行政机关仍然可以给予行政处罚。
二、立案后处罚的合理性
即使立案时间在时效期限内，行政机关在处罚时还需考虑以下因素：
证据收集：行政机关在立案后，需要收集足够的证据来证明违法行为的成立。如果证据收集困难或耗时较长，可能导致处罚时间延迟。但只要证据充分且符合法定程序，处罚仍然是合法的。
程序合法性：行政机关在处罚过程中必须遵循法定程序，包括告知当事人权利、听取当事人陈述和申辩、举行听证等。如果程序违法，即使立案时间在时效期限内，处罚也可能被撤销或确认无效。
处罚的及时性：虽然法律没有明确规定立案后必须立即处罚，但行政机关应当尽快处理案件，以保障当事人的合法权益和行政效率。如果处罚时间过长且无正当理由，可能引发当事人对行政机关公正性和效率性的质疑。
三、具体案例分析
在实际操作中，立案两年才处罚的情况可能因案件复杂性和证据收集难度而有所不同。例如：
如果案件涉及多个违法行为人、多个违法行为或跨地区作案，证据收集和分析可能需要较长时间。在这种情况下，只要行政机关在时效期限内立案并依法收集证据，处罚仍然是合法的。
如果行政机关在立案后因内部原因（如人员调动、案件积压等）导致处罚延迟，且没有正当理由，则可能构成程序违法。当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
四、建议
对于行政机关：应加强案件管理，提高办案效率，确保在时效期限内完成处罚程序。同时，应严格遵守法定程序，保障当事人的合法权益。
对于当事人：如果认为行政机关的处罚行为违法或不当，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。在申请复议或提起诉讼时，应提供充分的证据来支持自己的主张。
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