核心结论：合同约定税金由乙方承担，在税务处理上需分情况讨论，税务局的规定及实际操作要点如下：

1. 税务处理原则：税收法定，合同约定不得违反法律强制性规定
   根据《税收征收管理法》第三条，税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税等，必须依照法律规定执行。合同双方约定税金承担方（如乙方承担甲方税款），属于民事主体间的意思自治，但该约定仅对合同双方有效，不改变纳税义务人的法定身份。例如：增值税的纳税义务人仍是销售方（甲方），企业所得税的纳税义务人仍是取得收入方（甲方），税务局不会因合同约定而改变征税对象。

2. 合同约定税金承担的合法性：有效但需注意边界

   • 合法情形：若合同约定乙方承担的“税金”实际为甲方应纳税款的经济补偿（即乙方额外支付一笔费用，用于弥补甲方因纳税导致的成本增加），该约定不违反法律强制性规定，属于合法有效的民事行为。例如：甲方销售货物含税价100万元，合同约定乙方支付100万元货款+5万元“税金补偿”，此时甲方仍需按100万元申报增值税，但5万元属于合同价款的一部分，可能涉及价外费用征税问题（需结合具体税种分析）。
     
   • 违法风险：若合同约定乙方直接以甲方名义申报纳税（如乙方伪造甲方授权、冒用甲方名义缴纳税款），或通过虚假交易、分解收入等方式逃避纳税义务，则涉嫌违反《税收征收管理法》第六十三条（偷税），可能面临补税、滞纳金、罚款甚至刑事责任。

3. 税务局的征管实践：关注“实质重于形式”
   税务局在征管中会穿透合同约定，重点审查交易实质：

   • 纳税义务人认定：以法律规定为准，不受合同约定影响。例如：房屋租赁合同约定乙方承担房产税，但根据《房产税暂行条例》，房产税的纳税义务人仍是房屋所有权人（甲方），乙方仅是代为缴纳，税务局仍会向甲方追征税款（若乙方未缴纳）。
     
   • 计税依据审核：若合同约定乙方承担税金导致甲方收入“显低”（如甲方报价100万元，但合同约定乙方额外支付20万元“税金”，甲方仅按100万元申报收入），税务局可能根据《企业所得税法》第四十七条（反避税条款）或《增值税暂行条例》第六条（价外费用规定），将“税金”并入收入计征税款。

4. 实务建议：合同条款设计需合规

   • 明确约定税金性质：在合同中写明乙方承担的“税金”是“经济补偿”而非“代为纳税”，避免使用“代扣代缴”“代为申报”等易引发误解的表述。
     
   • 合理定价并申报：甲方应将乙方承担的税金补偿纳入收入总额，依法申报纳税；乙方支付的补偿款可作为成本费用列支（需取得合法凭证）。
     
   • 避免关联交易风险：若甲乙双方存在关联关系，需符合独立交易原则，否则可能被税务局调整计税依据。

总结：合同约定税金由乙方承担本身不违法，但需确保交易实质合法、计税依据真实，并注意纳税义务人的法定身份不受合同影响。如有具体交易场景或合同条款需要审查，可直接向我咨询，我会结合税法规定和实务经验为您详细分析。