针对公司制度处罚条款不一致的问题，核心结论是需根据具体情况判断适用条款，主要依据《劳动合同法》及相关司法解释，同时结合公司规章制度制定程序及内容合法性综合判定。以下分情况说明：

1. 若公司制度制定程序合法且内容不违反法律强制性规定，但存在条款冲突
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。若公司制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商），且内容不违反法律、行政法规及政策规定，当制度中存在处罚条款冲突时，应优先适用对劳动者更有利的条款。例如：某公司《员工手册》中既规定“迟到一次扣200元”，又规定“迟到一次扣当月绩效5%”，若两者均合法，则劳动者可主张适用较轻的处罚（如扣200元而非扣绩效）。
   案例参考：某法院判决中，公司制度同时规定“旷工1日扣3日工资”和“旷工1日扣当月奖金”，法院认为后者处罚更轻，最终按扣奖金标准执行。

2. 若公司制度未履行民主程序或内容违法，导致条款冲突
   根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第五十条，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律、行政法规及政策规定，并已向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。若制度未履行民主程序（如未与工会或职工代表协商），或内容违法（如“迟到一次罚款500元”超出法定罚款上限），则违法条款无效，应适用合法条款或按法律规定处理。例如：公司制度规定“员工离职需支付违约金”，但《劳动合同法》第二十五条明确仅两种情形可约定违约金（服务期、竞业限制），此时该条款无效，劳动者无需支付。
   案例参考：某公司因制度未经民主程序，法院判决其“员工未完成业绩扣全部工资”的条款无效，公司需补发工资。

3. 若公司制度条款冲突且均合法，但劳动者主张适用特定条款
   若制度中存在多个合法处罚条款（如“迟到一次扣200元”和“迟到一次书面警告”），劳动者可与公司协商选择适用条款；若协商不成，公司有权根据制度规定或管理需要选择适用，但需确保处罚合理且不显失公平。例如：公司对同一迟到行为既可扣款也可警告，若公司选择扣款，劳动者不得以“应适用警告”为由抗辩，除非能证明公司滥用选择权。
   案例参考：某法院判决中，公司对员工迟到选择扣款而非警告，法院认为公司有权根据制度行使管理权，判决支持扣款。

总结建议：

• 公司应确保制度制定程序合法（民主协商、公示告知），内容不违反法律强制性规定；
  
• 劳动者若认为制度条款冲突或违法，可收集证据（如制度文本、公示记录）申请劳动仲裁；
  
• 具体案件需结合制度内容、制定程序、处罚合理性等因素综合判断，建议根据实际情况向我进一步咨询。