针对您提出的“退役军人安置后未上岗，与单位签署自主择业协议是否合法”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据《退役士兵安置条例》的相关规定，承担安排退役士兵工作任务的单位，在退役士兵安置工作主管部门开出介绍信1个月内，应当安排退役士兵上岗，并与退役士兵依法签订期限不少于3年的劳动合同或者聘用合同。这是法律对接收安置退役士兵的单位所做出的明确要求，旨在保障退役士兵的合法权益，确保他们能够顺利融入社会并开始新的工作生活。

接下来，我们分析您提到的“签署自主择业协议”的情况。自主择业通常指的是退役士兵在不符合政府安排工作条件，或者选择不接受政府安排工作的情况下，自行寻找工作机会并签订劳动合同的行为。然而，在您所描述的情境中，退役士兵已经被安排了工作，但单位却未安排其上岗，而是提出签署自主择业协议，这显然与《退役士兵安置条例》的规定相悖。

进一步来说，如果单位在未安排退役士兵上岗的情况下，要求其签署自主择业协议，这可能构成对退役士兵权益的侵害。因为根据法律规定，单位有义务在规定时间内安排退役士兵上岗，并与其签订劳动合同或聘用合同。如果单位未能履行这一义务，退役士兵有权向相关部门投诉并寻求法律援助。

此外，我们还需要注意到，如果单位与退役士兵签署的自主择业协议内容违反了法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议将被视为无效。在这种情况下，退役士兵可以依法主张自己的权益，要求单位承担相应的法律责任。

综上所述，对于您提出的问题，我们可以明确回答：在退役军人已经被安排工作但单位未安排其上岗的情况下，与单位签署自主择业协议是不合法的。单位应当按照法律规定安排退役士兵上岗，并与其签订劳动合同或聘用合同。如果单位未能履行这一义务，退役士兵有权向相关部门投诉并寻求法律援助。希望这个解答能够帮助您更好地理解相关法律法规，并维护自己的合法权益。