综合工时制下，单位安排星期天上班是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
合法情形
综合计算周期内总工作时间未超标：
- 在综合计算工时工作制下，企业需经劳动行政部门审批，并可以实行以周、月、季、年等为周期的综合计算工作时间。
- 若在整个综合计算周期内，员工的总实际工作时间未超过法定标准工作时间（即每日8小时、每周40小时的标准，按周期折算后的总时间），则单位安排星期天上班是合法的。例如，某企业实行以月为周期的综合计算工时制，员工在该月内总工作时间未超过160小时（40小时/周×4周），则即使某星期天安排了上班，也不构成违法。
已安排补休或支付加班费：
- 若在综合计算周期内，员工因工作需要确实超过了法定标准工作时间，但单位已按照法律规定安排了补休，或者支付了不低于工资百分之二百的工资报酬作为加班费，则这种安排也是合法的。
不合法情形
未经审批实行综合计算工时制：
- 如果企业未经劳动行政部门审批，擅自实行综合计算工时工作制，并安排员工星期天上班，即使从表面看工作时间似乎合理，但这种行为本身违反了工时制度审批的规定，因此属于不合法行为。
综合计算周期内总工作时间超标且未补休或支付加班费：
- 若在综合计算周期内，员工的总实际工作时间超过了法定标准工作时间，且单位未安排补休，也未支付加班费，则单位安排星期天上班的行为构成违法。
法律建议
对于员工：
- 应了解自己的工时制度，并保留好相关的工作记录、考勤记录等证据。
- 如认为单位安排星期天上班的行为侵犯了自己的合法权益，可以先与单位协商解决；协商不成的，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自己的权益。
对于单位：
- 应明确自身的工时制度，并严格按照法律规定执行。
- 如需实行综合计算工时工作制或不定时工作制，应提前向劳动行政部门申请审批。
- 在安排员工加班时，应确保符合法律规定，并支付相应的加班费或安排补休。
综上所述，综合工时制下单位安排星期天上班是否违法，需根据单位是否履行了审批手续、综合计算周期内总工作时间是否超标以及是否安排了补休或支付了加班费等因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。