有独立不动产证书的集资建房是否可以翻建以及是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要综合考虑多个因素。以下从不同角度为你详细分析：
一、翻建的合法性基础
产权清晰：
- 既然房屋已经取得了独立的不动产证书，这通常意味着房屋的产权是清晰的，即房屋的所有权归属明确，没有产权纠纷。这是翻建房屋的基本前提。
规划与建设许可：
- 规划许可：根据《城乡规划法》的相关规定，进行翻建等建设活动，必须符合城乡规划，并依法取得建设工程规划许可证。这意味着，即使房屋产权清晰，如果没有获得规划部门的许可，翻建行为也是违法的。
- 建设许可：除了规划许可外，翻建房屋还可能需要获得建设部门的施工许可。这通常涉及到施工图纸的审查、施工队伍的资质审核等环节。
二、集资建房的特殊性
集资建房的性质：
- 集资建房通常是由单位或组织发起，员工或成员共同出资建设的房屋。这种房屋的性质可能介于商品房和自建房之间，其翻建可能受到更多限制。
集体决策与同意：
- 在集资建房的情况下，翻建房屋可能不仅需要个人的意愿，还需要获得其他集资成员的同意或集体决策。这是因为翻建可能影响到其他成员的利益，如房屋的整体结构、外观、使用功能等。
三、实际操作中的建议
咨询相关部门：
- 在决定翻建房屋前，建议首先咨询当地的规划部门、建设部门以及不动产登记机构，了解翻建的具体要求和流程。
办理相关手续：
- 根据咨询结果，按照要求办理建设工程规划许可证、施工许可证等相关手续。确保翻建行为合法合规。
尊重集体意愿：
- 如果是集资建房，还需要尊重其他集资成员的意愿和利益。在翻建前，可以组织召开集资成员会议，就翻建事宜进行充分讨论和协商。
四、可能的法律后果
合法翻建：
- 如果翻建行为符合城乡规划、建设许可等要求，且获得了相关部门的批准和集资成员的同意，那么翻建行为是合法的，不会面临法律后果。
违法翻建：
- 如果翻建行为未经批准或违反了相关规定，那么可能面临责令停止建设、限期改正、罚款等行政处罚。在严重情况下，还可能面临强制拆除等后果。
综上所述，有独立不动产证书的集资建房是否可以翻建以及是否合法，取决于多个因素的综合考虑。在决定翻建前，建议充分了解相关法律法规和政策要求，咨询相关部门和人员，确保翻建行为合法合规。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。