关于上级机关是否需要与下属企业签订合同的问题，这主要取决于具体的业务场景和合同性质。以下是一些详细的分析和建议：
首先，我们要明确的是，行政机关（包括上级机关）在履行管理职责、提供公共服务和加强自身建设时，与公民、法人和其他组织（这自然包括下属企业）之间的交易或合作，通常需要按照公平、自愿、诚实信用的原则签订民事合同。这是为了规范双方的行为，明确各自的权利和义务，防止纠纷的发生，并保障双方的合法权益。
接下来，我们根据辽宁省人民政府办公厅转发的《关于进一步规范行政机关签订合同工作的意见》来具体分析：
合同规范化管理范围：该意见明确规定了哪些合同需要纳入规范化管理的范围，如房屋和建筑物的建设、租赁、出借、承包合同，国有自然资源的出租、转让、承包、出让合同，借款合同，国有资产转让、受让合同，政府采购合同，特许经营合同，各类招商引资合同，以及须经政府审批的投融资合同等。如果上级机关与下属企业之间的交易或合作涉及这些类型的合同，那么显然是需要签订书面合同的。
合同签订的要求：意见中强调，行政机关与公民、法人和其他组织经过协商所达成的协议，必须签订书面合同。这意味着，无论交易或合作的对方是下属企业还是其他类型的组织，只要双方达成了协议，就应该签订书面合同来明确各自的权利和义务。
合同履行的监督与管理：行政机关在合同履行过程中，必须按照合同的约定全面履行合同义务。如果发现合同主要条款没有约定或者约定不明确，或者发生合同履行困难情形的，要主动与对方协商解决。这同样适用于上级机关与下属企业之间的合同。
特殊情况的考虑：当然，也存在一些特殊情况。例如，如果下属企业是上级机关的全资子公司或控股公司，且双方之间的交易或合作是基于内部管理或战略考虑，那么可能不需要签订正式的书面合同，而是通过内部决策程序或协议来明确。但这种情况并不常见，且需要严格的内部管理制度和审批程序来保障。
综合以上分析，我们可以得出以下结论：
因此，建议上级机关在与下属企业进行交易或合作时，根据具体情况判断是否需要签订书面合同，并遵循相关法律法规和政策规定来规范双方的行为。如果需要签订合同，应确保合同内容合法、合规、明确，并严格按照合同约定履行各自的义务。